Thời gian qua, lượng khách đến tham quan du lịch tại các điểm di tích trên địa bàn tỉnh Phú Yên ngày càng tăng nhanh, đặc biệt là tại một số di tích có tổ chức các hoạt động văn hóa, lễ hội và các thắng cảnh. Tuy nhiên, công tác vệ sinh, môi trường tại một số điểm di tích, thắng cảnh chưa được chú trọng đúng mức. Điều này đã làm ảnh hưởng đến hoạt động bảo tồn và phát huy giá trị di tích, làm suy giảm giá trị cảnh quan hiện có của các di tích, thắng cảnh.
Tại triền phía nam núi A Man thuộc thôn Quảng Đức, xã An Thạch, huyện Tuy An có 500 ngôi mộ cổ chứa đựng nhiều bí ẩn cần được giải mã. Đâylà một di tích khảo cổ độc đáocần được gìn giữ, bảo tồn, tôn tạo, lưu giữ muôn đời sau.
Trong năm 2019, các phương tiện khai thác thủy sản không đúng quy định sẽ bị tịch thu tiêu hủy; các hồ nuôi thủy sản trái phép trên đầm Ô Loan phải tháo dỡ xong để trả lại nguyên trạng.
Xuân Đài là một vịnh biển kín thuộc thị xã Sông Cầu, tỉnh Phú Yên, diện tích mặt nước khoảng 130km2 và phía Nam tiếp giáp với biển Đông có cửa vịnh rộng khoảng 4,4km. Khí hậu khu vực mang đặc điểm nhiệt đới gió mùa, khô nóng với nền nhiệt độ nóng quanh năm rất phù hợp với du lịch biển, tắm biển… Bởi thế, việc gìn giữ môi trường sinh thái vịnh Xuân Đài là rất cần thiết.
Khi tiến hành dọn dẹp mở rộng khu vực xung quanh gành Đá Đĩa, Ban Quản lý di tích danh thắng này đã phát hiện nhiều vách đá có rất nhiều viên đá hình lục giác, được xếp thành dãy trên vách núi nằm đối diện với gành Đá Đĩa hiện tại.
Sau hiệu ứng của bộ phim “Tôi thấy hoa vàng trên cỏ xanh”, trung bình những năm gần đây, lượng khách du lịch đến tỉnh tăng khoảng 20 - 25%/năm. Tuy vậy, để nơi đây trở thành điểm đến hấp dẫn, cần giải quyết được bài toán về cơ sở hạ tầng và nhất là sản phẩm du lịch.