Theo phó giáo sư, tiến sĩ Trần Công Huấn, Giám đốc chi nhánh ven biển (Trung tâm nhiệt đới Việt - Nga), hiện nay vịnh Nha Trang đang bị ảnh hưởng nghiêm trọng bởi các tác động xấu từ hoạt động du lịch biển đảo, nuôi trồng và đánh bắt thủy sản, giao thông vận tải, xây dựng công trình.
Tại hội thảo khoa học “Bảo tồn đa dạng sinh học vịnh Nha Trang” trong khuôn khổ Festival biển Nha Trang 2009 với sự tham gia của gần 30 nhà khoa học, nhà quản lý địa phương, các đại biểu đã đưa ra nhiều giải pháp cụ thể nhằm đẩy mạnh công tác bảo tồn và phát triển khu vực này.
Viện nghiên cứu nuôi trồng thủy sản III đã giới thiệu 5 mô hình nuôi kết hợp nhiều đối tượng hải sản theo hướng bền vững, như nuôi cá mú kết hợp với rong sụn, vẹm và bào ngư; nuôi tôm hùm kết hợp với cá chẽm, hải sâm và vẹm xanh... Đây là cách nâng hiệu quả kinh tế của mô hình nuôi ghép (cao hơn nuôi đơn từ 1- 2 lần), lại giảm mức độ ô nhiễm nguồn nước trong quá trình canh tác.
Theo bà Ngô Thị Kim Thọ - Sở Nông nghiệp và Phát triển Nông thôn tỉnh Khánh Hòa, giải pháp quản lý cần đưa ra hiện nay là trồng khôi phục lại rừng ngập mặn, thả giống ra biển để tái tạo các loài thủy hải sản đã cạn kiệt, tổ chức mô hình nuôi hải sản kết hợp với tham quan du lịch biển.
Ông Bùi Mau, Chủ tịch câu lạc bộ "Vịnh đẹp Nha Trang" cho rằng trong khu vực vịnh Nha Trang, việc quản lý, khai thác đang trong tình trạng manh mún, khi có quá nhiều đơn vị kinh tế, khoa học được giao từng khu vực để hoạt động. Do đó, việc quy hoạch khai thác vịnh và thiết lập một cơ quan có chức năng quản lý toàn diện các hoạt động khai thác, bảo tồn và phát huy giá trị của vịnh là rất cần thiết.
Các ý kiến tại hội thảo nhấn mạnh, vịnh Nha Trang có mức độ đa dạng sinh học cao, vừa là di sản văn hóa, nên phải được xem là một khu vực đặc biệt. Tất cả các hoạt động kinh tế, xã hội diễn ra trong vịnh cần phải được đặt trong tầm kiểm soát; cần đẩy mạnh các hoạt động về bảo vệ môi trường, cảnh quan của vịnh.
Vịnh Nha Trang có diện tích 250km2, nằm trong vùng có tính đa dạng sinh vật biển cao nhất ở vùng biển ven bờ Việt Nam. Hiện tại, chỉ tính riêng khu hệ cá, vịnh Nha Trang đã có hơn 300 loài, trong đó có 60 loài lần đầu tiên ghi nhận tại biển Việt Nam, 15 loài mới đối với khoa học thế giới…
