Chương trình giáo dục môi trường cho học sinh được Vườn quốc gia Côn Đảo thực hiện hàng năm tại trường tiểu học Cao Văn Ngọc và trường THPT Võ Thị Sáu trên địa bàn huyện. Vườn đã thành lập các “CLB bảo tồn” và chương trình “Cây là bạn” trong trường học và được đông đảo học sinh tham gia.
Mỗi tuần các câu lạc bộ này sinh hoạt 1 lần, mỗi buổi sinh hoạt tập trung vào một chủ đề như các loài có nguy cơ tuyệt chủng, môi trường sống của các loài động vật hoang dã, mạng lưới và sự sống, chuỗi thức ăn...). Lồng ghép vào chủ đề chính là các hoạt động: vẽ tranh, kể chuyện, chơi các trò chơi có liên quan đến môi trường...
Ngoài ra, vào dịp hè hàng năm, Vườn quốc gia Côn Đảo còn tổ chức cho các em học sinh khối lớp 6, 7, 8 tham quan dã ngoại kết hợp tìm hiểu tài nguyên môi trường tại các hòn đảo nhỏ ở Côn Đảo. Đây là chương trình bổ ích giúp cho học sinh vừa học vừa tìm hiểu đời sống của các loài động vật hoang dã, các loài sinh vật biển… và tham gia các trò chơi liên quan đến môi trường, thu gom rác trên các bãi biển.
