Từ năm 2007, UBND thành phố Đà Nẵng có Quyết định số 54/2007/ QĐ-UBND về quản lý, bảo tồn rạn san hô và các hệ sinh thái liên quan đến vùng biển từ Hòn Chảo đến Nam Hải Vân và bán đảo Sơn Trà. Quyết định quy định trách nhiệm địa phương và cơ quan chức năng trong quản lý bảo vệ rạn san hô và hệ sinh thái liên quan. Tuy vậy, từ đó đến nay, rạn san hô, tài nguyên quý của vùng biển gần bờ ở Đà Nẵng vẫn chưa được bảo vệ chu đáo và loại hình du lịch chiêm ngưỡng cảnh sắc thủy cung vẫn chưa được khai thác hiệu quả.
Tiềm năng về rạn san hô ở vùng biển Đà Nẵng không hề thua kém ở vịnh Hạ Long và Nha trang. Theo điều tra nghiên cứu của Viện Hải dương học Nha Trang, vùng biển từ Hòn Chảo đến nam Hải Vân và quanh bán đảo Sơn Trà có 191 loài san hô cứng tạo rạn thuộc 47 giống, 15 họ và 3 giống san hô mềm; 3 loài cỏ biển, 72 loài rong biển, 53 loài động vật thân mềm, 23 loài da gai kích thước lớn, 221 loài thực vật phù du... Khảo sát trong phạm vi 104ha thấy rằng, chỉ có gần 10% rạn san hô ở tình trạng tốt và rất tốt, có đến hơn 80% xấu và rất xấu. Đa số rạn san hô vùng này bị suy thoái, nguyên nhân do sự lắng đọng trầm tích và tình trạng khai thác vô tội vạ thời gian dài của cư dân ven biển.
Trước thực trạng rạn san hô bị suy thoái đáng báo động nêu trên, thành phố chủ trương khoanh vùng bảo vệ một vùng biển khoảng 4.000ha, từ Hòn Chảo đến Nam Hải Vân và quanh bán đảo Sơn Trà, trong đó vùng bảo vệ nghiêm ngặt (vùng lõi) 82ha thuộc khu vực Hòn Sụp, Bãi Bụt, Hục Lỡ, Vũng Đá và Đông Bãi Bắc từ bờ ra 300 mét ở độ sâu trung bình 12 mét.
Chủ trương là vậy, song đến nay chưa có đơn vị độc lập nào chịu trách nhiệm quản lý bảo vệ vùng biển có rạn san hô quý nói trên. Tình trạng khai thác san hô trái phép vẫn diễn ra.
Qua khảo sát mới nhất do Công ty Coral Reef Center thực hiện tại 4,5ha ở vùng biển Mũi Nghê (Sơn Trà), tiềm năng san hô vẫn rất phong phú với 42 loài màu sắc sặc sỡ hơn cả khu vực Hòn Mun của vịnh Nha Trang, rất lý tưởng cho các tour du lịch lặn chiêm ngưỡng cảnh sắc như thủy cung ở đáy biển. Hiện ngành du lịch đã triển khai tour du lịch lặn biển ngắm san hô ở khu vực này.Tình trạng khai thác san hô làm hòn non bộ diễn ra thời gian khá dài. Việc đánh bắt hải sản, neo đậu tàu thuyền ở khu vực giàu san hô là chuyện thường ngày, ít bị ngăn cản. Đó là chưa nói khách du lịch, mỗi khi đến khu vực này, có điều kiện lặn chiêm ngưỡng vẻ đẹp mê hồn của đáy biển, vô tư bẻ cành san hô đưa về làm quà mà không có lực lượng nào nhắc nhở. Các công trình xây dựng gần biển san lấp đổ đất đá, xả nước thải xuống tầng san hô làm hệ sinh thái biển khu vực này ô nhiễm nặng. Theo khảo sát của Chi cục Thủy sản, ít nhất 5ha san hô quanh bán đảo Sơn Trà, nhất là khu vực Bãi Bụt, Bãi Nam bị trầm tích gây chết. Ngoài ra, việc nuôi trồng thủy hải sản tự phát ở vùng biển gần bờ cũng tác động xấu đến các rạn san hô và hệ sinh thái liên quan khu vực gần bờ.
Ngày 18-5-2009, UBND thành phố Đà Nẵng có tiếp Công văn số 2965/UBND-KTN chỉ đạo ngành Nông nghiệp và Phát triển nông thôn xây dựng phương án bảo vệ rạn san hô và hệ sinh thái thủy sản quanh khu vực nam bán đảo Sơn Trà. Và ngày 16-6- 2009, Sở NN&PTNT phối hợp với UBND quận Sơn Trà tổ chức hội nghị tìm giải pháp quản lý, bảo vệ các rạn san hô quanh bán đảo Sơn Trà.
Giải pháp đưa ra ngay trong năm 2009 là phải tiến hành thả phao khoanh vùng bảo vệ nghiêm ngặt các khu vực có rạn san hô quý ở Hòn Sụp, Bãi Bụt, Bãi Nồm, nghiêm cấm triệt để việc khai thác trái phép san hô dưới mọi hình thức, kể cả đánh bắt hải sản. Các cơ quan chức năng và chính quyền địa phương đẩy mạnh việc tuyên truyền trong cộng đồng dân cư ven biển và khách du lịch về trách nhiệm bảo vệ tài nguyên quý báu này. Thành lập 2 tổ bảo vệ gồm các tàu của ngư dân hoạt động khu vực gần bờ, vừa triển khai khai thác hải sản ngoài vùng cấm (chủ yếu câu mực), vừa quản lý bảo vệ, ngăn chặn kịp thời các hành vi xâm phạm hệ sinh thái khu vực được bảo vệ nghiêm ngặt... Từ năm 2010 trở đi, ngoài việc bảo vệ nghiêm ngặt các rạn san hô, sẽ triển khai việc phục hồi hệ sinh thái gần bờ, bảo đảm đa dạng sinh học và làm giàu nguồn lợi thủy sản tự nhiên, phục vụ cho việc phát triển du lịch sinh thái biển. Ngoài ra, các tổ đội chuyên trách phát huy trách nhiệm cộng đồng trong việc bảo vệ nguồn tài nguyên quý báu này.
