Một vài năm trở lại đây, tình hình khai thác du lịch tại các Đảo sinh thái hiện đang phát triển rầm rộ. Lượng khách đến với các đảo như Phú Quốc, Phú Quý , Cù Lao Chàm,... ngày một đông khiến cho nguy cơ ô nhiễm môi trường tại các đảo trở nên mất kiểm soát.
Qua nghiên cứu, điều tra của Viện Hải dương học Việt Nam, tình trạng ô nhiễm môi trường biển và hải đảo còn do các địa phương khai thác, sử dụng không hợp lý các vùng đất cát ven biển. Các hoạt động du lịch có ảnh hưởng không nhỏ đến môi trường sinh thái, cảnh quan tự nhiên của biển.
Điển hình là Vườn quốc gia Cát Bà với 5.400 ha mặt nước, từ một hòn đảo trong lành, ngày nay môi trường ở đây đã bị biến đổi theo chiều hướng xấu kể từ khi được đưa vào khai thác du lịch và nuôi trồng thủy sản, bởi mỗi ngày có hàng tấn rác thải đổ trực tiếp ra biển.
Hay tình trạng hàng trăm cano đua nhau nhả khói và nhớt ra môi trường như ở Cù Lao Chàm cũng góp phần làm ô nhiễm dòng chảy, có thể mang theo các chất ô nhiễm như dầu tràn, hóa chất gây tác động xấu tới sinh vật và các hệ sinh thái biển khu vực xung quanh các đảo,...
Thiết nghĩ, việc phát triển du lịch biển đảo cũng nên gắn liền với việc bảo vệ môi trường sinh thái biển, giúp giữ gìn bầu không khí trong lành để hàng triệu du khách được tận hưởng môi trường tốt nhất.