Cả ngày 24/11/2008, Hội thảo quốc tế "Nhận diện giá trị khu di tích Hoàng Thành Thăng Long sau 5 năm nghiên cứu so sánh (2004 - 2008)" tập trung phân tích đánh giá kết quả 5 năm nghiên cứu khu di tích khảo cổ học 18 Hoàng Diệu.
Những nghiên cứu sâu, công phu về vật liệu kiến trúc, các di vật tiền cổ, đồ gốm ngự dụng, đồ sành... đều góp phần đề cao giá trị của khu di tích trung tâm Cấm thành Thăng Long, và hội thảo không phải dừng lại để thảo luận, tranh luận. Ngược lại, việc nhận diện các mặt bằng kiến trúc tại khu khai quật lại là điểm nóng của hội thảo cả về thời gian lẫn những ý kiến đa chiều, va chạm. PGS Tống Trung Tín thừa nhận, "nhận biết dấu tích của các di tích dưới lòng đất Thăng Long rất khó khăn bởi tầng văn hóa dày, các di tích dày đặc đan xen, chồng xếp và cắt phá nhau rất phức tạp", phải dựa trên nhiều yếu tố khác nhau còn lại trong tầng văn hóa: dấu tích mặt bằng kiến trúc nhà, dấu tích giếng nước, dấu tích móng đường đi (hay tường bao) và dấu tích cảnh quan khu vực.
Theo đó, tính đến thời điểm này, các nhà khảo cổ học đã tìm ra 4 mặt bằng kiến trúc thời Đại La (thế kỷ 7-9), 3 kiến trúc thời Trần, 1 kiến trúc thời Lê (thế kỷ 15 - 18), và áp đảo về số lượng là 50 mặt bằng kiến trúc thời Lý (thế kỷ 11-12). Tại hố A20, hố lớn nhất trong toàn bộ diện tích 19.000 m2 đã được khai quật cũng dày đặc dấu vết kiến trúc thời Lý. Năm 2007 cũng đã phát hiện kiến trúc Bát giác đầu tiên tại khu C, xác định niên đại thuộc thời Lý, được phán đoán có nhiều khả năng là công trình kiến trúc kiểu điện Thiên Khánh, điện Trường Xuân có ghi trong chính sử. Quy hoạch kiến trúc thời Lý mang tính thống nhất cao, thời Trần tiếp thu xuất sắc những thành tựu của thời Lý nhưng đến thời Lê thì có sự thay đổi hoàn toàn: xây dựng chồng lên kiến trúc Lý Trần, mở mang mạnh về phía Tây... Đây là những kết quả có được sau 5 năm nghiên cứu của các nhà khoa học.
Các chuyên gia Nhật Bản, TS Kazuto Inoue (Viện nghiên cứu Di sản văn hóa Nara), GS Ueno Kunikazo (Trường ĐH nữ Nara) đã rất gắn bó, tâm huyết với việc nghiên cứu khu di tích HTTL. TS Kazuto Inoue với 30 năm kinh nghiệm nghiên cứu khai quật khảo cổ học ở các thành cổ Nhật Bản đã dành rất nhiều thời gian (hai năm 2006, 2007) để cùng các chuyên gia Việt Nam tìm ra trục tọa độ phù hợp với phương hướng các kiến trúc đang được nghiên cứu, theo đó lưới tạo độ sẽ lệch khoảng 5 độ về phía Đông so với trục chính gốc. Với những kiến trúc hình lục giác tìm thấy trong quá trình nghiên cứu, TS Inoue phỏng đoán đó sẽ là những tháp nhiều tầng nhỏ (mặt bằng hình lục giác), còn các chuyên gia Việt Nam lại khẳng định đó là những kiến trúc lầu - các. Về thước đo chuẩn của từng thời kỳ, cơ sở quan trọng để tìm hiểu tổng thể mặt bằng di tích, đã được TS Inoue tính toán kỹ lưỡng dựa trên vị trí của các đá tảng chân cột, so sánh với những tư liệu thước đo của thời Tống. Bước đầu tìm ra thước đo được sử dụng trong xây dựng thời Lý là 29.9 cm. Đánh giá cao vai trò của thước đo chuẩn, nhưng nhiều chuyên gia trong nước tỏ ra chưa tin tưởng con số 29.9 cm, bởi thước đo chuẩn cũng liên tục thay đổi qua cách thời kỳ. Theo TS Phan Thanh Hải (Trung tâm bảo tồn Di tích Cố đô Huế), thời Nguyễn dùng hai thước đo khác nhau, để thiết kế công trình thì dùng quan mục xích (42.4 cm), còn đường đi và cổng vào, cũng như thiết kế lăng mộ, lại theo thước 38.5cm. TS Nguyễn Hồng Kiên (Viện Khảo cổ học) lại cho rằng không nên cứng nhắc khi nghiên cứu phế tích, cũng như việc quy nạp chỉ từ một vài con số khoảng cách cột trụ là hơi vội vã, bởi nhóm của TS Kiên đã nghiên cứu hàng nghìn viên gạch nhưng vẫn chưa tìm ra được một bội số chung để có đơn vị đo chuẩn thời Lý.
Nhận định của GS Ueno về những kiến trúc tường ngăn còn tạo ra những tranh luận sôi nổi hơn. PGS - TS Nisimura Masanari (trường ĐH Kansai, Nhật Bản) nhận định: "Trong việc nghiên cứu dấu tích kiến trúc KTTL, móng trụ sỏi, đường gạch là tường bao, hay nền đường sẽ dẫn tới những khác biệt lớn về nhận thức kiến trúc", và ông chất vất người đồng hương "tại sao lại xác định hiện tượng đường gạch là nền của tường bao? ".
PGS Tống Trung Tín còn đưa ra ví dụ cụ thể về đường gạch kiên cố ở khu Đoan Môn với cách nói rất "cảm thán": "Nếu đây là tường thì điện Thiên An, trung tâm của HTTL Lý, Trần sẽ phải có vị trí khác. Nhận thức của chúng tôi thì đây là đường đi, do vị trí cũng như cách viền hoa chanh ở hai bên, lại có lát gạch vuông. Nhưng dấu tích GS Ueno nói về khu A rất hay, chúng tôi sẽ phải suy nghĩ. Nếu kiểm tra được từ Đoan Môn vào điện Kính Thiên, sẽ làm sáng tỏ hơn nhiều"... GS Ueno đưa ra giả thiết rằng nền điện Kính Thiên (chính là điện Thiên An thời Trần) có thể giữ nguyên, nhưng trục thay đổi, dẫn đến việc xác định vị trí đường đi hay tường bao có thể thay đổi. Theo tinh thần của hội thảo, sắp tới sẽ có cuộc khai quật trong khuôn viên Thành cổ Hà Nội để có thể đưa ra những nhận định chính xác hơn.
Có thể thấy giữa các chuyên gia Nhật Bản và các nhà khoa học thuộc Viện Khảo cổ học Việt Nam đang có những khác biệt trong nhận diện mặt bằng kiến trúc, "những khác biệt hết sức bình thường trong khoa học" theo nhận định của nhiều GS đầu ngành có mặt tại hội thảo. Cũng như, cả PGS Tống Trung Tín và TS Ionue đều khẳng định đây chỉ là chặng đường đầu tiên trong nghiên cứu lâu dài với một di tích hết sức quý giá ở tầm nhân loại.
Ngày 25/11/2008, hội thảo sẽ tiếp tục với hai chủ đề: Nghiên cứu so sánh giữa HTTL với hệ thống các kinh đô trong khu vực châu Á, và Quy hoạch bảo tồn - phát huy giá trị khu di tích HTTL.