Năm 2007, Thành phố Nha Trang đã lập chi tiết quy hoạch lấp sông Kim Bồng và một nhánh sông Bà Vệ, thuộc địa phận thành phố Nha Trang thành khu dân cư.
Theo đó, việc quy hoạch 92,5 ha, phân bố dân cư đô thị tại đây khoảng 16.000 người. Vị trí, giới hạn khu đất lập quy hoạch, thuộc ranh giới hành chính của 3 phường: Vạn Thạnh, Phương Sài, Ngọc Hiệp và được giới hạn như sau: Phía Bắc giáp sông Cái; phía Đông giáp đường 2/4; phía Nam giáp đường Phương Sài và Trần Quý Cáp; phía Tây giáp sông Bà Vệ. Sông Kim Bồng ăn thông với sông Bà Vệ. Lịch sử của dòng sông này cũng có dấu vết hào hùng. Ngày xưa, Thủy Xưởng nằm nối trên đường Phương Sài, nép mình bên sông Kim Bồng là nơi đúc vũ khí của anh em nhà Tây Sơn. Sông Kim Bồng còn là dòng sông giao thương của các nhà buôn người Hoa. Khi ấy, khu vực hai bờ sông còn nhiều lau sậy.
Người Hoa đã dựng một chợ hàng hóa bằng sạp che buôn bán. Cách đây 50 năm, sông Kim Bồng còn là con đường thuỷ quan trọng cho tàu thuyền đi từ Hòn Khói, vào cửa sông Cái, theo sông cập bến cầu Chợ Mới bây giờ. Riêng sông Bà Vệ cũng là một nhánh sông cụt, có thể nhìn thấy rõ dòng sông này khi đi ngang cầu xi măng nhỏ gần chợ trên đường đi Hương lộ 40. Sông Bà Vệ giờ dày đặt lục bình, rác và tất nhiên là nguồn nước cũng bị ô nhiễm đã nhập trộn vào sông Kim Bồng.
Hiện hai bên bờ sông Kim Bồng vẫn được trồng cây dừa nước để lợp nhà, làm vách. Thời hưng thịnh, nước sông Kim Bồng trong xanh, cá lội tung tăng. Còn bây giờ ngày càng ô nhiễm và bị xâm lấn. Sự ô nhiễm của sông Kim Bồng giờ rất nghiêm trọng, vì đây là một dòng sông cụt, nhiều đoạn chật hẹp, nhà dân lấn ra sông. Con sông thành một bãi rác khổng lồ nằm trong lòng thành phố, cực kỳ ô nhiễm. Người dân ở đây cho chúng tôi biết, ngoài mùi hôi thối xông lên, đây còn là ổ nuôi muỗi khổng lồ của thành phố. Mà muỗi lại gây mầm bệnh.
Sông Kim Bồng không còn khả năng thải nước, nay lại “gánh trọng trách” trở thành chức năng trữ rác, giờ đang là nguồn quỹ đất vô cùng hấp dẫn. Vì giá đất của quanh vùng Ngọc Hiệp, nơi con sông đi qua đang lên giá. Thế là nhà nước chưa kịp “lấp sông”, con sông ngày càng chật chội dòng nước bởi đang bị từng cá nhân lấn chiếm.Và nhiều nơi đã thành nhà. Sông Kim Bồng sắp biến mất trước khi công việc quy hoạch tiến hành.