Vùng biển Cát Bà đang đứng trước nguy cơ ô nhiễm. Nguyên nhân được đưa ra là do "bùng nổ" của nghề nuôi hải sản. Nghề nuôi hải sản ở Cát Bà phát triển nhanh trong thời gian 10 năm trở lại đây. Nghề mới đóng góp lớn cho nền kinh tế của huyện đảo Cát Hải, mở ra mô hình phát triển kinh tế thủy sản gắn với du lịch, nên nhiều gia đình, doanh nghiệp không tiếc công, của đầu tư lắp đặt lồng bè nuôi cá biển.
Số lượng bè nuôi cá phát triển mạnh đang dẫn đến khó khăn trong công tác quản lý do thiếu quy hoạch. Trong khi đó, hàng ngày lượng thức ăn nuôi cá của hàng chục nghìn ô lồng nuôi cá được thả xuống vịnh Bến Bèo. Cá ăn không hết, thức ăn lọt qua lưới hoặc trôi theo dòng rải khắp khu vực gần đó, nguy cơ ô nhiễm môi trường biển là rất cao. Ngay khu vực gần Bến Bèo, đã xuất hiện mức độ ô nhiễm cao và tình trạng cá nuôi bị nhiễm bệnh cũng tăng. Có nhiều chủ lồng bè, thấy tình trạng Bến Bèo bị ô nhiễm, tìm cách di chuyển bè đi xa hơn vào vịnh Lan Hạ. Vậy là, ô nhiễm lại có nguy cơ lan sang vịnh Lan Hạ.
Mọi lý do đều bắt nguồn từ việc không có quy hoạch vùng nuôi, các bè cá mặc sức neo đậu, miễn là không ảnh hưởng đến giao thông thủy, còn việc ô nhiễm môi trường tất yếu sẽ xảy ra nhưng cũng ít ai quan tâm. Do không có quy hoạch vùng nuôi cụ thể nên cách đây 2 năm, huyện Cát Hải đánh số cho lồng bè để dễ quản lý, thế nhưng vẫn chỉ có khoảng 490 lồng bè/531 lồng bè được cấp đăng ký. Cùng thời điểm đó, huyện đảo cũng có biện pháp hạn chế sự gia tăng của lồng bè nhằm quản lý tốt hơn. Song vì không có quy hoạch vùng nuôi cụ thể, nên huyện đảo Cát Hải gặp rất nhiều khó khăn trong công tác quản lý.
Theo đánh giá của các nhà chuyên môn thì vùng biển Cát Bà có giá trị rất lớn về du lịch sinh thái và nuôi thủy sản biển nếu như được quản lý và tổ chức các hoạt động một cách hợp lý. Tiềm năng về du lịch sinh thái và nuôi hải sản tại Cát Bà có thể sánh ngang với nhiều nước trên thế giới. Nhưng để làm được điều này quả thực không dễ. Nên chăng, để bảo vệ môi trường biển Cát Bà, trước hết, các cơ quan, ban, ngành cần có quy hoạch vùng nuôi cụ thể, khoanh vùng nuôi riêng và vùng phát triển du lịch riêng vì hai vùng sẽ bổ trợ cho nhau. Cách nuôi thủy sản biển cũng cần được quản lý chặt chẽ từ việc sử dụng loại thức ăn gì đến sử dụng lượng thức ăn bao nhiêu cho vừa. Những người nuôi cá biển tại Cát Bà hầu hết chỉ dựa vào kinh nghiệm chứ không được qua một lớp đào tạo về nuôi, nên việc quản lý lồng bè chủ yếu là tự phát, không có quy trình cụ thể; do vậy, cần mở các lớp tập huấn thường xuyên.
Đi đôi với xây dựng quy hoạch vùng nuôi, cần có quy hoạch phát triển, không để mạnh ai nấy làm vì như thế sẽ phá vỡ cảnh quan môi trường. Các ngành và địa phương quy định cụ thể tại vùng nuôi như: khu vực nuôi cá, khu vực nuôi nhuyễn thể và khu vực được làm nhà hàng trên bè kết hợp nuôi cá. Các nhà chuyên môn đánh giá tác động môi trường từ nghề nuôi cá lồng bè một cách chính xác, từ đó tìm ra giải pháp phát triển hợp lý hơn.
Việc cần được tiến hành ngay hiện nay là huyện Cát Hải có biện pháp hạn chế sự gia tăng lồng bè, đồng thời vận động doanh nghiệp, người dân nuôi cá gắn trách nhiệm bảo vệ môi trường, tổ chức quản lý bè, cho cá ăn phù hợp. Hiệu quả bảo vệ môi trường biển Cát Bà phụ thuộc vào ý thức của mỗi người dân.