Hoạt động tham quan, du lịch, nghiên cứu diễn ra khá thường xuyên tại Cù Lao Chàm trong thời gian qua, đã biến hòn đảo khá cách biệt này trở nên sinh động và náo nhiệt hơn.Tuy nhiên vấn đề nổi cộm nhất tại Cù Lao Chàm là sự xâm hại, tác động gián tiếp hoặc trực tiếp của con người vào các nguồn tài nguyên biển thông qua các hoạt động khai thác quá mức, nạn ô nhiễm môi trường..
Được sự giúp đỡ của hai Chính phủ Đan Mạch và Việt Nam, tháng 10/2003, Khu bảo tồn biển (KBTB) Cù Lao Chàm đã ra đời và trở thành 1 trong 15 khu bảo tồn biển hiện nay của cả nước. Với tổng diện tích 5.175 ha mặt nước, KBTB Cù Lao Chàm được các nhà khoa học tìm ra 200 loài san hô, trong đó có 6 loài quý hiếm lần đầu tiên tìm thấy tại các vùng biển đảo ở nước ta. Bên cạnh đó, còn có hơn 200 loài cá; 5 loài tôm hùm, 94 loài nhuyễn thể... Tất cả đều liên quan mật thiết đến 165 ha san hô và 500 thảm cỏ biển với nhiều loại có giá trị. Ngoài ra, trên các đảo, người ta còn tìm thấy nhiều loại động vật quý hiếm, mang đậm tính đặc trưng riêng chỉ có ở Cù Lao Chàm.
Nhằm giảm thiểu sự xâm hại khá thường xuyên, nặng nề do hoạt động khai thác, đánh bắt thuỷ sản của ngư dân địa phương, ban điều hành dự án khu bảo tồn biển Cù Lao Chàm chia nơi đây thành nhiều khu vực, nhiều vùng với các chức năng riêng.
Dự án đã gây được sự chú ý khi kết hợp được với các hoạt động quảng bá du lịch, du lịch sinh thái biển, thông qua các hoạt động lễ hội, hội thảo, bồi dưỡng chuyên môn cho đội ngũ cán bộ tuyên truyền, nâng cao nhận thức cho nhân dân về các giá trị sinh thái biển và vai trò của cộng đồng với trách nhiệm bảo vệ nguồn tài nguyên biển.
Tuy nhiên, kết quả của đợt khảo sát mới đây cho thấy, các nguồn tài nguyên tại Cù Lao Chàm bị xâm hại bởi các yếu tố tác động từ bên ngoài và từ các khu vực lân cận. Mật độ, kích cỡ của các loài cá và sự đa dạng của các loài tiếp tục bị giảm. Nguyên nhân chủ yếu do sự khai thác quá mức của ngư dân địa phương và vùng lân cận như Quảng Nam, Quảng Ngãi, Đà Nẵng, Phú Yên... Phần lớn tàu thuyền tham gia khai thác đều là loại nhỏ, có công suất dưới 20CV, đánh bắt ở vùng biển nông và sử dụng các phương thức đánh bắt có nguy cơ huỷ diệt khá cao như giã cào, dùng đèn huỳnh quang, lặn ống hơi có dùng cyanua... Tại đây, có 8 loài động vật đang bị đe doạ ở nhiều mức độ khác nhau.
Mục tiêu trong công tác bảo tồn biển luôn gắn với khai thác du lịch sinh thái, nhưng kết quả vẫn chưa đạt được như mong muốn. Ở Cù Lao Chàm, các dịch vụ thu thu hút và lưu giữ du khách còn nghèo nàn. Công tác thu hút đầu tư vào các dự án du lịch sinh thái biển đảo chưa tương xứng với nguồn tài nguyên sẵn có. Hoạt động văn hoá phục vụ công tác quảng bá và thu hút đầu tư còn mang tính bề nổi, pha đợt và khá cách biệt với không gian tổng thể của du lịch Hội An và Mỹ Sơn.
Bên cạnh đó, sự phát triển về công nghiệp và du lịch dọc theo các bờ sông Thu Bồn (Quảng Nam) và sông Hàn (Đà Nẵng) tăng lên đã gây sự xói lở đường bờ, chất trầm tích từ các công trình xây dựng và các chất thải từ trên đất liền trong khu vực đã ảnh hưởng nghiêm trọng cho môi trường. Không chỉ có thế, hoạt động du lịch biển cũng có tác không rất lớn đến môi trường của khu bảo tồn. Hằng năm, vào thời điểm nắng nóng, KBTB này đón rất nhiều khách du lịch nhưng cơ sở vật chất như hệ thống nhà nghỉ, khu vui chơi giải trí, điện, nước sinh hoạt trên đảo còn thiếu thốn nên đã gây cản trở cho việc phát triển du lịch sinh thái KBTB này.
Thực tế cho thấy, KBTB Cù Lao Chàm đã và đang có tác động không nhỏ đến sự phát triển tích cực và bền vững về kinh tế - xã hội chung của tỉnh không chỉ hiện tại và cả nhiều năm tiếp theo. Để giúp các KBTB có thể tự nuôi sống mình, nhà nước cần đầu tư rất lớn để xây dựng cơ sở hạ tầng, các ngành thuỷ sản, du lịch, văn hoá cần phối hợp với nhau tổ chức các hoạt động khác nhau để tổ chức các hoạt động quảng bá, các du lịch điền dã, sinh thái, lặn biển tại KBTB để thu hút du khách đến với KBTB này.
Nhiều hoạt động hội thảo, hội nghị đã bàn đến vấn đề trên nhưng vẫn chưa tìm được cách giải quyết vì khi áp dụng vào thực tế lại vướng mắc nhiều vấn đề, một trong mấu chốt quan trọng nhất là “sinh kế người dân”. Vì cộng đồng địa phương chủ yếu là những người chủ yếu kiếm sống bằngtài nguyên biển-thường chịu ảnh hưởng nhiều và rõ rệt nhất do bị hạn chế các hoạt động khai thác này. Về lâu dài KBTB Cù Lao Chàm sẽ mang lại nhiều lợi ích cho họ như khôi phục nguồn lợi, mang lại cơ hội kinh doanh, phát triển du lịch...Và cộng đồng sẽ chỉ ủng hộ và tham gia khi họ nhận thức được ý nghĩa và lợi ích của KBT và việc thành lập nó không ảnh hưởng đến cuộc sống mưu sinh của họ.
Để giải quyết phần nào những thách thức trên, Bà Nguyễn Giang Thu- Phó Giám đốc Hợp phần sinh kế bền vững bên trong và xung quanh KBTB (LMPA ) cho biết, thời gian tới LMPA sẽ tập trung vào hỗ trợ sinh kế cho những người bị tác động trực tiếp bởi việc hình thành KBTB, đặc biệt là xây dựng chiến lược sinh kế bền vững với việc xây dựng các mô hình trình diễn, đánh giá tính khả thi và nhân rộng mô hình đó.