Một số di tích văn hóa, lịch sử, khảo cổ có giá trị ở Quảng Ninh đang bị xâm hại nghiêm trọng bởi cách khai phá, lấn chiếm tùy tiện, thiếu khoa học.
Điển hình là di tích Hòn Hai Cô Tiên ở tổ 65, phường Bạch Đằng, thành phố Hạ Long, được công nhận là di tích cấp quốc gia từ tháng 11/2005, với tổng diện tích khoanh vùng bảo vệ là 108.551m2.
Theo báo cáo của Sở Văn hóa, Thể thao và Du lịch Quảng Ninh, hiện khu vực liền kề và bao quanh di tích khảo cổ Hòn Hai-Cô Tiên về phía Bắc đã được Ủy ban Nhân dân tỉnh giao cho công ty TNHH thương mại dịch vụ Mạnh Cường thực hiện dự án công viên nước.
Trong quá trình triển khai dự án, công ty này đã xây dựng vào khu vực bảo vệ của di tích khảo cổ Hòn Hai Cô Tiên 2 cột bê tông nằm trên 2 tảng đá và 2 cột bê tông nằm sát vào chân núi đá thuộc vùng bảo vệ của di tích. Khoảng 1.000m2 của dự án này chưa được cấp phép xây dựng, trong đó có trên 400m2 xây chồng lấn vào khu Hòn Hai-Cô Tiên.
Hòn Hai-Cô Tiên được đánh giá là một trong những di tích khảo cổ tiêu biểu của thời đại kim khí trên đất Quảng Ninh, cách ngày nay khoảng 3.500 năm. Tại đây, các nhà khoa học đã khai quật được 91 hiện vật, 1.000 tiêu bản khoa học gồm công cụ sản xuất, đồ dùng sinh hoạt, trang sức, tín ngưỡng... với các chất liệu gốm, xương, đá; một khu mộ táng với những di cốt người cổ, trong đó có những di cốt còn tương đối hoàn chỉnh.
Cùng với giá trị khảo cổ, di tích Hòn Hai Cô Tiên còn có rừng nguyên sinh núi đá với nhiều loài động vật quý như khỉ lông vàng, kỳ nhông, tắc kè... và một hệ thực vật phong phú đặc hữu của rừng núi đá...
Trong khi đó, khu di tích Đầu Rằm thuộc xã Hoàng Tân, huyện Yên Hưng cũng bị đe dọa nghiêm trọng bởi việc khai thác đá với quy mô lớn. Khu di tích này còn lưu dấu của người Việt cổ thời đại kim khí, cách ngày nay hơn 3.000 năm và di tích mộ táng thuộc giai đoạn Văn minh Đông Sơn, cách ngày nay khoảng 2.000 năm.
Trong hai lần khai quật, các nhà khảo cổ đã tìm được rất nhiều hiện vật, như rìu, vòng, khuyên, mũi khoan bằng đá; mũi tên, lưỡi câu, dao găm bằng đồng; nồi, vò, bình, dọi xe chỉ bằng gốm, đất nung, cùng vô số vỏ nhuyễn thể, xương động vật là tàn tích thức ăn người xưa để lại...
Trước những sai phạm của doanh nghiệp, UBND thành phố Hạ Long đã ra quyết định đình chỉ việc xây dựng trung tâm vui chơi giải trí tổng hợp của công ty TNHH thương mại dịch vụ Mạnh Cường để tiến hành kiểm tra, đánh giá mức độ vi phạm và đang khẩn trương hoàn tất hồ sơ để trình UBND tỉnh Quảng Ninh ra quyết định xử phạt theo quy định.
UBND tỉnh Quảng Ninh cũng đã ra quyết định tạm dừng khai thác đá ở khu vực Đầu Rằm đối với Công ty cổ phần đá Tháng 10, để tổ chức khai quật, thu lượm hiện vật và lập dự án bảo tồn di tích khảo cổ Đầu Rằm. Tuy nhiên, tình trạng khai thác đá lén lút vẫn diễn ra tại đây.