Về hệ thống quản lý dự toán ngân sách nhà nước, Tổng cục Môi trường bao gồm 01 đơn vị dự toán cấp II (Vụ Kế hoạch Tài chính) và 11 đơn vị dự toán cấp III trực thuộc (01 Văn phòng; 04 Cục; 04 Trung tâm; 01 Viện; 01 Tạp chí). Như vậy, tổ chức bộ máy nhân sự về Kế hoạch Tài chính về cơ bản đã được kiện toàn nhằm đáp ứng yêu cầu của công tác quản lý với các chức năng, nhiệm vụ và quyền hạn được giao.
So với năm 2008, đã có những chuyển biến trong công tác thẩm định, phê duyệt nhiệm vụ, dự án (phê duyệt sớm hơn, yêu cầu về chất lượng sản phẩm trong Quyết định phê duyệt cao hơn); công tác giải ngân đã được chú trọng ngay từ đầu năm và thường xuyên được rà soát thúc đẩy, do vậy, tỷ lệ giải ngân vào cuối năm đạt cao hơn so với năm 2008.
Các quy định về quản lý nhiệm vụ, dự án đã hoàn thiện hơn nhằm sử dụng có hiệu quả nguồn ngân sách nhà nước (nội dung bao quát và đầy đủ quy trình triển khai thực hiện từ khâu đầu đến khâu cuối, quy định rõ trách nhiệm của đơn vị chủ trì thực hiện, các bước kiểm tra, nghiệm thu sản phẩm rõ ràng, cụ thể, yêu cầu về nâng cao hiệu quả ứng dụng sản phẩm...).
Công tác xây dựng kế hoạch được hoàn thiện hơn một bước: giảm bớt số đầu mối nhiệm vụ, dự án, để tập trung giải quyết dứt điểm các vấn đề môi trường ưu tiên.
Tuy nhiên, trong quá trình quản lý, sử dụng nguồn ngân sách nhà nước các đơn vị thường gặp nhiều khó khăn, vướng mắc, chưa nắm rõ được quy trình xây dựng kế hoạch, thẩm định, phê duyệt các dự án đầu tư. Mặt khác, bộ máy kế hoạch tài chính của các đơn vị dự toán cấp III trực thuộc Tổng cục Môi trường măc dù đã ổn định về mặt tổ chức song công tác tài chính kế toán vẫn chưa thực sự đáp ứng được yêu cầu đặt ra. Một là, do một số cán bộ mới, thiếu kinh nghiệm trong khi số lượng các văn bản hướng dẫn về công tác kế hoạch tài chính ngày càng nhiều, thường xuyên thay đổi cho phù hợp với yêu cầu của thực tế; Hai là, công tác thanh quyết toán còn chưa thông suốt, thống nhất giữa các bộ phận do thiếu các quy trình hướng dẫn cụ thể; Ba là, nhiều đơn vị chưa xây dựng quy trình thanh quyết toán, quy chế chi tiêu nội bộ... dẫn đến vướng mắc trong quá trình giải quyết công việc, ảnh hưởng đến kết quả thực hiện công tác tài chính kế toán của đơn vị...
Trước yêu cầu thực tế trên, thực hiện chỉ đạo của Lãnh đạo Tổng cục, Vụ Kế hoạch - Tài chính được giao tổ chức hội thảo tập huấn về công tác Kế hoạch – Tài chính cho các đơn vị trực thuộc nhằm nâng cao năng lực quản lý về công tác kế hoạch, tài chính của các dự án, nhiệm vụ cho cán bộ và lãnh đạo các đơn vị trực thuộc. Tại Hội thảo tập huấn các cán bộ tham dự được chia sẻ kinh nghiệm về công tác quản lý kế hoạch tài chính giữa các đơn vị, đồng thời, với sự tham gia của các chuyên gia đến từ Vụ Hành chính sự nghiệp - Bộ Tài chính, Vụ Tài chính - Bộ Tài nguyên và Môi trường, các vấn đề trên sẽ được giải đáp và tháo gỡ trong quá trình triển khai thực hiện các dự án, nhiệm vụ từ nguồn chi sự nghiệp môi trường, sự nghiệp khoa học, đầu tư phát triển....
Đây là công tác thiết thực trong việc nâng cao năng lực quản lý hiệu quả ngân sách nhà nước, phục vụ thiết thực công tác quản lý nhà nước về môi trường tại Tổng cục Môi trường hiện nay.