UNESCO gợi ý để Ba Bể và một phần khu vực rừng của huyện Na Hang tỉnh Tuyên Quang được công nhận là Khu Di sản UNESCO vì khu vực rừng nguyên sinh Na Hang được các nhà nghiên cứu sinh học phát hiện là có loài Voọc đen má trắng (Francois’ Langur). Đây là loài đặc hữu đang có nguy cơ tuyệt chủng và chỉ còn khoảng 180-200 cá thể sinh sống tại các khu rừng trên núi đá vôi.
Theo ước tính, có tới hơn 553 loài động vật có xương sống ở Vườn Quốc gia Ba Bể và vùng phụ cận, bao gồm 81 loài thú, 322 loài chim, 17 loài ếch nhái và 106 loài cá. Trong đó có những loại đặc hữu nằm trong Sách đỏ thế giới như: voọc mũi hếch, voọc đen má trắng, vạc hoa, cá cóc bụng hoa, phượng hoàng đất, gà lôi...
Và có tới 1.280 loài thực vật thuộc gần 140 họ, trong đó có nhiều loài thực vật quý hiếm được ghi trong Sách đỏ Việt Nam và thế giới. Đặc biệt là có 25 loài thực vậy có tên trong Sách đỏ của Hiệp hội Bảo tồn thiên nhiên thế giới (IUCN). Vườn Quốc gia Ba Bể còn được các nhà nghiên cứu trong và ngoài nước đánh giá là trung tâm đa dạng và đặc hữu cao nhất về loài lan, không chỉ của Việt Nam mà còn của toàn vùng Đông Nam Á với 182 loài.
Ông Nông Thế Diễn - Giám đốc Vườn Quốc gia Ba Bể cho biết: Chỉ riêng hệ thống hồ nước ngọt trên núi đá vôi và hiện trạng địa chất của vùng hồ Ba Bể đã đủ tiêu chí xếp hạng Di sản Công viên địa chất. Hiện nay, hồ Ba Bể thuộc Vườn Quốc gia Ba Bể là một trong số 50 hồ nước ngọt lớn nhất trên thế giới, nằm trên hệ thống đá vôi cao hàng trăm mét so với mực nước biển và là hồ duy nhất trên thế giới không bao giờ bị cạn nước”. Đây chính là một trong những đặc điểm riêng biệt và đặc sắc của hồ Ba Bể so với các hồ khác trên thế giới khiến môi trường ở khu vực này trở nên đa dạng về mặt sinh học cả trên cạn lẫn dưới lòng hồ.
Chính những cảnh quan tự nhiên, sự phong phú đa dạng các loài thực vật và động vật, sự hình thành hệ địa chất cách đây khoảng trên 2,5 tỷ năm cùng với truyền thuyết về vùng tự nhiên này đã tạo cho Vườn Quốc gia Ba Bể một cảnh quan tự nhiên có giá trị lớn về kinh tế - xã hội - du lịch. Cũng bởi thế, năm 2003, Ban thư ký ASEAN đã công nhận Vườn Quốc gia Ba Bể là một trong 27 Vườn Di sản ASEAN.
Người dân bản địa sinh sống xung quanh khu vực hồ Ba Bể cũng được các nhà chuyên môn coi là một phần của di sản. Đại diện Ban quản lý Vườn Quốc gia Ba bể phát biểu: “Theo tiêu chí của di sản, con người sống xung quanh khu vực vùng lõi và vùng đệm cũng được công nhận là di sản, vì chính con người và văn hóa cộng đồng cũng là di sản.
Có ý kiến cho rằng cần phải di dân ra khỏi khu vực lòng hồ nhằm hạn chế các hoạt động của con người tác động tới sinh cảnh. Tuy nhiên, cũng có ý kiến cho rằng nên giữ nguyên hiện trạng của cư dân sinh sống nơi đây. Chúng ta chỉ cần khuyến cáo và tăng cường giáo dục cộng đồng người dân nhằm duy trì sự phát triển bền vững tại khu vực lòng hồ, đảm bảo hài hòa các lợi ích kinh tế - xã hội và sinh kế của người dân bản địa”. Mặt khác, cũng không để xảy ra tình trạng di dân tự do từ các vùng khác tới nơi này, vì sẽ tác động không tốt đến cảnh quan môi trường nơi đây.
Vì chưa hình thành và đầu tư có bài bản cho du lịch sinh thái nên nguồn thu từ phí tham quan và các dịch vụ du lịch ở Vườn Quốc gia Ba Bể chỉ đạt mức khiêm tốn, khoảng 1 tỷ đồng/năm. Hiện nay, Ban quản lý Vườn Quốc gia Ba Bể đã có một đội thuyền máy du lịch để phục vụ khách tham quan, nhưng đội thuyền máy này vẫn chưa đạt tiêu chuẩn quốc tế. Trên thực tế, những thuyền máy này đã cũ, tiếng ồn lớn, trang thiết bị nghèo nàn. Và những phương tiện này đang đe dọa hệ sinh thái hồ Ba Bể vì tiếng ồn, dầu loang trên mặt nước khiến không ít loài động thực vật bị ảnh hưởng.
Với các khách du lịch nước ngoài, điều khiến họ không chấm chọn Ba Bể làm điểm đến vì qua tìm hiểu họ biết rằng nơi ăn chốn ở dành cho khách du lịch ở nơi đây chưa được đầu tư nhiều. Hơn nữa, hệ thống giao thông từ Thủ đô Hà Nội lên Bắc Cạn còn nhiều hạn chế. Quãng đường khoảng 260km phải mất tới 6 tiếng đi ôtô mới tới được Trung tâm Ban quản lý Vườn Quốc gia Ba Bể.
Ông Trần Tân Văn hé lộ: “Chúng tôi cũng đã góp ý với Ban quản lý Vườn Quốc gia Ba Bể nên hoàn thiện từng tiêu chí cụ thể. Ví dụ như Khu đa dạng sinh học, Công viên địa chất, khu rừng ngập nước hoặc Khu dự trữ sinh quyển thế giới. Không nên quá chú trọng vào việc làm thế nào để Ba Bể trở thành Di sản thế giới mà chúng ta nên hoàn thiện từng tiêu chí một, dần dần từng bước hoàn tất thủ tục đệ trình Di sản thế giới. Như thế vừa tiết kiệm, vừa chắc chắn và phù hợp với điều kiện phát triển kinh tế - xã hội của địa phương”.
Theo Hội đồng Di sản quốc gia, Vườn Quốc gia Ba Bể là một trong số 19 di sản vật thể và phi vật thể mà Việt Nam đề nghị UNESCO công nhận là Di sản thế giới.
Tiến trình vươn tới “bảng xếp hạng” thế giới của Vườn Quốc gia Ba Bể vẫn từng bước ghi dấu ấn. Những người dân và ban quản lý vườn quốc gia này đang khắc khoải chờ đợi ngày Hồ sơ khoa học trình UNESCO công nhận Di sản thiên nhiên thế giới đối với Vườn Quốc gia Ba Bể được hoàn tất. Họ hy vọng sự kiện “được chính thức đệ trình” sẽ giúp Vườn được bảo vệ tốt hơn, được đầu tư nhiều hạng mục và có những hoạt động thiết thực xứng đáng với giá trị của Vườn quốc gia này hơn.