Là mô hình bảo tồn biển đầu tiên của cả nước, hoạt động của Ban quản lý biển Vịnh Nha Trang sắp kết thúc năm thứ 10 với nhiều thành tựu đáng ghi nhận.Một trong những thành công là việc Ban quản lý đã lôi cuốn cộng đồng tham gia giữ gìn, bảo tồn 16.000 ha biển Vịnh Nha Trang.
Đối tượng đầu tiên ban quản lý hướng tới, chính là giới trẻ học đường sống bên trong và xung quanh khu bảo tồn. Hàng năm có hơn 1.500 học sinh và 50 thầy cô giáo thuộc 10 trường tiểu học, trung học cơ sở tham gia chương trình giáo dục môi trường biển, tài nguyên biển. Hoạt động này không chỉ giúp cho giới trẻ biết yêu và bảo vệ biển, mà còn tác động tới các bậc phụ huynh, người dân trên địa bàn.
Trong những ngày Đa dạng sinh học thế giới, ngày Môi trường thế giới, ngày làm sạch môi trường biển, Ban quản lý đã phát tờ rơi, dựng panô tuyên truyền tại nơi công cộng, khuyến cáo người dân, du khách tham gia bảo vệ rùa biển, bảo vệ san hô biển.
Riêng năm 2010, Ban quản lý Khu bảo tồn Biển Nha Trang đã tổ chức buổi tuyên truyền về biển và hải đảo Việt Nam, bảo vệ đa dạng sinh học cho khoảng 300 người. Tổ chức cuộc thi bảo vệ đa dạng sinh học Vịnh Nha Trang giữa 5 trường tiểu học và 5 trường phổ thông cơ sở trên địa bàn. Tiến hành trồng các loại cây bần, được, mắm tại 1,5 ha rừng ngập mặn tại Đần Bấy, nâng diện tích rừng ngập mặn được phục hồi tăng hơn 5 ha. Thu gom hàng trăm kg rác dưới đáy biển trong vùng lõi khu bảo tồn. Tổ chức cho người dân và các Câu lạc bộ lặn tham gia bắt và tiêu hủy hơn 6.500 con sao biển gai - loài địch hại của rạn san hô.
Từ năm 2008 - 2009, Ban quản lý đã thực hiện phương án thu gom rác thải trên các lồng bè nuôi thủy sản và các tổ dân phố trên đảo trong vịnh về đất liền. trung bình mỗi tháng thu gom và vận chuyển về đất liền khoảng 150 tấn rác thải. Ban quản lý phát hiện, báo cáo các cơ quan có trách nhiệm về các hoạt động có nguy cơ ảnh hưởng xấu đến Vịnh như việc đổ bùn sai vị trí, san ủi đất trên các đảo ảnh hưởng đến rừng ngập mặn, thảm cỏ biển và làm xấu cảnh quan của Vịnh. Đồng thời đưa ra các giải pháp khắc phục như lắp hệ thống xử lý nước thải di động kiểu BOFAST, phân loại xử lý rác thải, đề nghị lắp két chứa chất thải vi sinh trên các tàu du lịch hoạt động trong Vịnh...
Cùng với việc tuyên truyền, giáo dục hướng cộng đồng tham gia tích cực vào công tác bảo tồn, Ban quản lý còn làm tốt chức năng tuần tra, bảo vệ đa dạng sinh học liên tục 24 giờ mỗi ngày. Đồng thời phối hợp với Phòng cảnh sát môi trường, Bộ đội Biên phòng, Thanh tra thủy sản và các ngành có liên quan, tổ chức kiểm tra bảo vệ nguồn lợi, tài nguyên thiên nhiên; ngăn ngừa, phòng chống những tác động có nguy cơ làm suy thoái môi trường, cảnh quan trong và quanh Vịnh Nha Trang. Đặc biệt, tại vùng lõi Hòn Mun, cùng với việc tổ chức làm phao neo tàu thuyền, phao giới hạn vùng lõi, công tác tuần tra với sự tham gia của người dân đã ngăn chặn được nhiều trường hợp ngư dân sử dụng chất nổ, chất độc khai thác thủy sản. Riêng năm 2009, Ban quản lý kết hợp với Thanh tra thủy sản phát hiện và vận động người dân thả 849 con rùa biển về đại dương.
Hoạt động của Ban quản lý Khu bảo tồn biển Vịnh Nha Trang đã góp phần quan trọng thúc đẩy các ngành kinh tế phát triển bền vững. Tài nguyên biển đã thu hút được nhiều khách du lịch đến chiêm ngưỡng vẻ đẹp. Ngành thủy sản duy trì được nguồn lợi nhờ vùng lõi được bảo vệ tốt và rừng ngập mặn được phục hồi. Ban quản lý phối hợp Hợp phần Sinh kế bền vững bên trong và xung quanh khu bảo tồn phát triển các nghề mới như làm mành ốc, đan lưới thể thao, làm du lịch sinh thái; phối hợp với Ngân hàng chính sách xã hội tạo điều kiện cho 157 hộ dân vay 646 triệu đồng để chuyển đổi nghề nghiệp, ổn định đời sống; có điều kiện tham gia vào công tác bảo tồn, phát triển đa dạng sinh học vùng biển.