Với diện tích tự nhiên trên 16.400 ha, gồm 17 tiểu khu, 114 khoảnh, tập trung tại xã vùng lõi Nà Hẩu (4.691,6 ha) và 3 xã vùng đệm là: Phong Dụ Thượng (2.612,3 ha), Mỏ Vàng (1.340,9 ha), Đại Sơn (4.060,1 ha), Khu bảo tồn thiên nhiên Nà Hẩu (Văn Yên) được đánh giá là nơi có nhiều tiềm năng về du lịch sinh thái bậc nhất của Yên Bái.
Trong Khu bảo tồn thiên nhiên Nà Hẩu hiện nay còn lưu giữ được hàng trăm loại thực, động vật quý hiếm có nhiều giá trị. Hệ thực vật nhiều tầng đan xen lẫn nhau tạo nên một thảm thực vật phong phú gồm trên 40 loại cây quý hiếm như: dẻ tùng sọc trắng, thảo quả, sa nhân đỏ, gù hương…Về động vật cũng có nhiều loài động vật có giá trị bảo tồn trong nước và quốc tế. Loài thú có: báo hoa mai, mèo gấm, báo lửa, cầy vằn bắc…; loài chim có: hồng hoàng, gà lôi trắng và nhiều loài trong họ khướu, bộ sẻ; các loài bò sát có: hổ mang chúa, rùa đầu to, kỳ đà hoa…
Theo ông Đinh Văn Mạnh, Phó hạt trưởng Hạt Kiểm lâm Văn Yên, với địa hình rộng cùng hệ sinh thái phong phú, nhiều tầng có nhiều giá trị nên công tác bảo vệ, bảo tồn gặp rất nhiều khó khăn.
Trước thực trạng trên, Ban quản lý Khu bảo tồn thiên nhiên Nà Hẩu đã họp bàn, phối hợp với UBND các xã, đặc biệt là xã vùng lõi để đề ra các giải pháp bảo vệ hệ sinh thái của khu bảo tồn. Một tổ kiểm lâm gồm từ 3 - 4 đồng chí được thành lập và duy trì tại xã Nà Hẩu thường xuyên tham mưu cho xã về các giải pháp bảo vệ rừng; tuyên truyền, vận động và ký cam kết với tất cả các hộ trong xã về công tác bảo vệ rừng, phòng chống chữa cháy rừng; tăng cường tuần tra, kiểm soát, xử lý nghiêm các trường hợp vi phạm; giao khoán bảo vệ rừng cho các nhóm hộ tại các xã thuộc khu bảo tồn với tổng số lên tới 434 người, tập trung ở 20 nhóm hộ.
Ngoài đẩy mạnh công tác bảo vệ, việc trồng rừng cũng được đẩy mạnh nhằm duy trì sự phong phú của hệ sinh thái nơi đây. Từ đầu năm đến nay, trên 90 ha của Khu bảo tồn đã được trồng mới, hiện Ban quản lý đang tiến hành khảo sát những diện tích có thể khoanh nuôi để trồng rừng tái sinh.
Khu bảo tồn thiên nhiên Nà Hẩu được đánh giá là có tiềm năng lớn về du lịch sinh thái kết hợp với du lịch cộng đồng. Tuy nhiên, làm thế nào để khai thác hết tiềm năng vốn có của khu bảo tồn này vẫn là bài toán đòi hỏi những nỗ lực và biện pháp hữu hiệu hơn nữa của các cấp, các ngành.