Sông Hương, đoạn chảy qua thành phố Huế, tính từ vị trí đập ngăn mặn Thảo Long đến lăng Minh Mạng dài khoảng 36,5 km, hiện là nguồn nước ngọt chính cung cấp cho các hoạt động sinh hoạt và sản xuất của người dân nơi đây.
Những năm gần đây, một số công trình đã và đang được xây dựng ở thượng lưu sông Hương như dự án hồ chứa Tả Trạch, thủy điện Bình Điền và đập ngăn mặn Thảo Long (phía hạ lưu con sông) đã góp phần ô nhiễm nguồn nước và cảnh quan môi trường sông Hương. Ở thời điểm từ tháng 4 đến tháng 8 hàng năm, khi đập Thảo Long bị đóng kín để ngăn mặn, nước sông Hương ít bị lưu thông, làm cho hệ sinh thái trên sông bị ảnh hưởng lớn. Gần đây, nhóm thực vật thủy sinh sống trôi nổi trên mặt nước (bèo) đã phát triển mạnh về cả quần thể và vùng phân bố. Bên cạnh đó, nhóm sống chìm (rong) gồm các loài rong cám (Najas indica), rong tóc tiên (Hydrilla verticillata) và rong mái chèo (Vallisneria spiralis) phát triển mạnh thành những thảm lớn và dày ở ven bờ. Sự bùng phát thực vật thủy sinh ở sông Hương đã làm giảm đi phần nào tính thẩm mỹ và cảnh quan của sông Hương.
Theo các nghiên cứu về tác động của các dự án thủy điện, việc sử dụng nước của thủy điện làm biến đổi rất nhiều chất lượng nước trong thời gian đầu tích nước vào lòng hồ do quá trình phân huỷ thực vật trong lòng hồ. Quá trình này làm ảnh hưởng rất lớn đến nguồn nước phục vụ cho sản xuất và sinh hoạt của nhân dân vùng hạ lưu sau khi nước từ lòng hồ xả trực tiếp xuống các con sông. Ông Trương Công Nam, Giám đốc Công ty Cấp nước Thừa Thiên - Huế cho biết: Kết quả quan trắc của đơn vị này cho thấy, hàm lượng các kim loại như sắt, manggan trong nước sông Hương đoạn sau đập Bình Điền qua thành phố Huế tăng lên đáng kể. Sau này, khi có thêm nước từ các hồ chứa Tả Trạch, hồ thủy điện Hương Điền, thủy điện A Lưới đi vào vận hành chảy vào nữa thì đây là vấn đề cần phải được lưu tâm.
Về chất lượng nước sông Hương theo kết quả của các đơn vị nghiên cứu như Viện tài nguyên sinh học, Ban Quản lý dự án sông Hương cho thấy, đang có xu hướng giảm, nguy cơ ô nhiễm nguồn nước ngày càng tăng, đặc biệt là vào các tháng mùa khô và đặt ra rất nhiều vấn đề liên quan khác về an toàn của các hồ chứa thủy điện tác động đến môi trường. Trong khi đó, việc thu dọn lòng hồ trước khi tích nước chưa được chủ đầu tư các dự án thủy điện nói trên thực hiện nghiêm túc và chưa được kiểm soát chặt chẽ, gây ô nhiễm nguồn nước không chỉ cho lòng hồ mà cả phía hạ lưu các con sông.
Mặt khác, tình trạng khai thác cát trái phép không theo quy hoạch cũng ảnh hưởng nghiêm trọng, làm cho nước sông Hương đục và dòng chảy biến đổi. Rác thải từ hoạt động du lịch, làng nghề, các cơ sở sản xuất xả ra sông cũng gây ô nhiễm nước sông Hương. Chỉ tính trên đoạn sông Hương qua chợ Đông Ba, một trung tâm thương mại lớn, có hơn 2.400 lô hàng cho thấy vô số nào là nước thải của chợ cá, các tiệm uốn tóc nằm dọc theo bờ tự do chảy xuống sông. Ngày mưa, nước mưa, nước thải cuốn theo rác của khu chợ chảy tràn ra sông Hương, bốc mùi hôi thối nồng nặc. Mặc dù, Ban quản lý chợ Đông Ba phối hợp với công ty công trình và môi trường đô thị Huế xử lý thu gom nhưng vẫn không hết rác thải. Một phần công tác thu gom chưa kịp thời, mặt khác ý thức của các hộ kinh doanh buôn bán trong việc bảo vệ môi trường tại đây chưa cao, nên một lượng rác thải vẫn bị vứt bừa bãi đoạn phía sau chợ. Chợ Đông Ba là 1/9 cơ sở sản xuất, kinh doanh gây ô nhiễm môi trường nghiêm trọng theo Quyết định 64/2003/QĐ-TTg của Thủ tướng Chính phủ, hàng ngày thải ra một lượng lớn rác và nước thải xả ra môi trường.
Thiết nghĩ, tỉnh Thừa Thiên - Huế cần xây dựng chương trình nghiên cứu tổng hợp để kịp thời đưa ra biện pháp quản lý bền vững hệ sinh thái sông Hương...