Sự phát triển của kinh tế biển đã góp phần to lớn vào sự tăng trưởng kinh tế đất nước, giải quyết công ăn việc làm cho hàng triệu người lao động và góp phần xoá đói giảm nghèo là điều kiện không thể phủ nhận. Song sự tăng trưởng kinh tế biển lại không đi đôi với việc xây dựng và bảo tồn đã kéo theo sự suy thoái môi trường biển, làm cạn kiệt nguồn lợi thuỷ sản.
Theo ước tính mỗi năm, nước thải từ các con sông ra biển mang theo hàng trăm triệu tấn phù sa cùng nhiều tạp chất khác đã góp phần gây ô nhiễm môi trường biển. Mặt khác tại các vùng đất ven biển thường diễn ra các hoạt động khai hoang, lấn biển để làm nông nghiệp và xây dựng các khu kinh tế mới đã gây tác động không nhỏ đến môi trường, cảnh quan sinh thái tự nhiên của biển.
Ngoài ra, trong quá trình canh tác phát triển nông nghiệp và xây dựng các khu kinh tế mới đã gây tác động không nhỏ đến môi trường, cảnh quan sinh thái tự nhiên, tài nguyên của biển. Mỗi năm con người gián tiếp thải ra khoảng 20.000 tấn thuốc phòng trừ sâu bệnh còn tồn dư ra biển.
Việc phát triển các vùng nuôi trồng thuỷ sản với tốc độ nhanh như hiện nay tại các đầm phá, eo vịnh, bãi triều, các vùng trồng lúa kém hiệu quả và các hình thức nuôi cá lồng bè quây lưới ở mật độ dày, thải ra một lượng không nhỏ thức ăn dư thừa cũng là tác nhân không nhỏ gây ô nhiễm nguồn nước, phát sinh dịch bệnh tràn lan.
Không những thế tình trạng khai thác nguồn lợi thuỷ sản bằng đánh mìn, sử dụng hoá chất độc hại đã làm cạn kiệt nhanh chóng nguồn lợi thuỷ sản và gây hậu quả xấu đến các vùng sinh thái biển, ảnh hưởng không nhỏ đến chất lượng trầm tích đáy biển, môi trường cư trú của nhiều loài thuỷ hải sản.
Theo các nhà nghiên cứu, hiện tại ở các vùng xác định là có ảnh hưởng từ những tác động của con người trong các vùng phát triển kinh tế, hàm lượng hóa chất bảo vệ thực vật trong các mẫu sinh vật đáy ở các vùng cửa sông ven biển phía Bắc đều cao hơn giới hạn cho phép. Điều này đã có tác động không nhỏ đến tiến trình phát triển tự nhiên của sinh vật biển cũng như ảnh hưởng đến nguồn lợi thuỷ sản mà biển ban tặng cho con người.
Diện tích rừng ngập mặn (RNM) ngày càng bị thu hẹp, môi trường suy thoái và nguồn lợi thủy sản ven biển bị cạn kiệt. Do mất RNM, số lượng sinh vật phù du và sinh vật đáy làm thức ăn cho các loài thủy sản giảm đi đáng kể, dẫn đến tình trạng giảm sút năng suất tôm nuôi quảng canh. Theo ước tính, trước đây cứ 1 ha RNM có thể khai thác được 700-1000 kg thuỷ sản thì nay chỉ thu được khoảng 1/2 số đó.
Mặc dù rừng sinh thái đóng vai trò đặc biệt kỳ quan trọng đối với môi trường biển và được con người ví như “rừng mưa nhiệt đới dưới đáy biển” ở nhiều vùng biển nước ta hệ sinh thái này đang bị khai thác quá mức bằng các phương tiện mang tính hủy diệt như đánh mìn, sử dụng hóa chất độc để đánh bắt hải sản.
Khai thác san hô làm vôi và đồ lưu niệm khiến cho môi trường sinh thái dưới đáy biển bị suy thoái nghiêm trọng. Theo đánh giá của Viện Tài nguyên Thế giới, có đến 80% rừng sinh thái biển Việt Nam nằm trong tình trạng rủi do cao do tác động của con người. Và tình trạng này cũng đang diễn ra tương tự với hệ sinh thái thảm cỏ biển, các thảm cỏ biển ở vùng cửa sông, đầm phá, vùng triều và ven một số đảo bị khai thác bừa bãi làm phân bón hoặc thức ăn cho gia súc.
Hơn 10 năm trở lại đây, hoạt động bảo vệ nguồn lợi thuỷ sản đã góp phần ngăn chặn những tình trạng trên. Tuy nhiên, việc bảo vệ ở diện rộng không thể đạt hiệu quả cao vì nhiều lý do về kinh tế, xã hội.