Ngày 19/5/2009, Đội 2.1 Phòng Cảnh sát môi trường CATP Hà Nội cho biết, căn cứ vào những tài liệu thu thập được về vi phạm môi trường tại khách sạn Kim Liên đã trình với UBND TP, Phó Chủ tịch UBND thành phố Hà Nội Vũ Hồng Khanh ra quyết định xử phạt vi phạm hành chính về bảo vệ môi trường và tài nguyên nước, với Công ty Cổ phần Du lịch Kim Liên (khách sạn Kim Liên).
Trước đó, ngày 31/12/2008, đoàn kiểm tra liên ngành gồm Phòng Cảnh sát môi trường (CSMT), Công an TP Hà Nội và Sở Tài nguyên - Môi trường Hà Nội đã tiến hành kiểm tra việc thực hiện, chấp hành các quy định về bảo vệ môi trường tại Công ty Cổ phần Du lịch Kim Liên. Cụ thể kiểm tra việc xả thải và mức độ ô nhiễm môi trường trong hoạt động của Công ty cổ phần Du lịch Kim Liên (còn gọi là khách sạn Kim Liên).
Được biết, khách sạn Kim Liên đi vào hoạt động từ năm 1961, đến tháng 3/2008 chuyển thành công ty cổ phần. Và suốt từ đó đến khi kiểm tra, tại đây không hề có hệ thống xử lý xả thải. Trong khuôn viên rộng 35.000m2 với hơn 400 phòng khách, 3 nhà hàng phục vụ đám cưới và nhiều phòng dịch vụ khác nữa đều xả trực tiếp nước thải ra hồ Phương Mai và hệ thống cống ngầm của thành phố, gây ô nhiễm nghiêm trọng. Tại khu vực nhà bếp của các nhà hàng và dãy bể chứa rác thải, dầu mỡ thải do không có quy trình thu gom và xử lý chuyên nghiệp nên ở đây luôn có mùi hôi thối rất khó chịu.
Trong quá trình kiểm tra, cơ quan công an phát hiện công ty này không có hệ thống xử lý nước thải theo quy định, không có báo cáo đánh giá tác động môi trường, không tiến hành quan trắc định kỳ vào báo cáo hiện trạng môi trường theo quy định.
Với những lỗi như vậy, Công ty Cổ phần Du lịch Kim Liên đã bị phạt 31 triệu đồng vì xả nước thải vượt tiêu chuẩn cho phép, phạt 14 triệu đồng vì xả thải vào nguồn nước không có giấy phép theo quy định của pháp luật. Tổng số tiền phạt phải nộp là 45 triệu đồng, cùng với việc bị buộc thực hiện các biện pháp khác phục tình trạng ô nhiễm.