Trong khuôn khổ dự án thoát nước nhằm cải thiện môi trường Hà Nội giai đoạn II, thành phố sẽ cải tạo 11 hồ với diện tích khoảng 153,43ha. Trong đó, có các hồ lớn như Linh Đàm (72,81ha), Định Công (20,07ha), Bảy Mẫu (22,3ha), Phương Liệt (4,94ha)...
Ngoài ra, thành phố sẽ cải tạo 31km kênh, mương với tổng diện tích đất thu hồi 19.55ha; xây dựng trạm xử lý nước thải tại hồ Bảy Mẫu (0,5ha); xây dựng bãi đổ bùn, đất tại Yên Mỹ, Thanh Trì (57,8ha) và xây dựng khu tái định cư X2 Đại Kim (4ha).
Hiện nay, nhà thầu đang phối hợp với tư vấn giám sát và các bên liên quan để tiếp nhận mốc giới và mặt bằng để triển khai thi công 2 hồ Bảy Mẫu và Đống Đa cho nhà thầu trong cả mùa mưa năm 2009. Riêng hai hồ Hố Mẻ và Hào Nam có quy mô nhỏ dưới 1ha sẽ bắt đầu thi công trong mùa khô năm nay.
Hồ Hà Nội là một đặc trưng của Hà Nội tạo nên những ấn tượng về màu xanh đặc biệt cho thành phố, mang lại môi trường không khí trong lành hơn so với những thành phố như thành phố Hồ Chí Minh vốn rất ít hồ. Rất nhiều hồ của Hà Nội gắn liền với các truyền thuyết, như hồ Hoàn kiếm, hồ Tây, hồ Văn (trong Văn Miếu - Quốc Tử Giám)... Nhiều hồ đã trở thành thắng cảnh của thủ đô như hồ Tây, hồ Hoàn Kiếm, hồ Trúc Bạch.
Một số hồ ở Hà Nội trở thành một phần của các công viên như hồ trong Vườn bách thảo Hà Nội, hồ Bẩy Mẫu trong công viên Thống Nhất, hồ Thủ Lệ trong Vườn Bách thú Hà Nội, hồ Nghĩa Đô trong công viên mới được xây dựng mang tên công viên Nghĩa Đô... Một số hồ khác trở thành khu vực điều tiết khí hậu và điều hòa lưu lượng nước thải, như hồ Yên Sở.
Trong nhiều năm qua, Hà Nội luôn phải đối mặt với vấn đề ô nhiễm hồ nước. Chính quyền và các nhà khoa học đã tích cực tìm kiếm các giải pháp cải tạo, làm sạch hồ ở Hà Nội. Một số giải pháp như: xử lý nước hồ bằng vi sinh vật hữu hiệu, sử dụng thủy sinh vật trong cải tạo nước ô nhiễm, thử nghiệm công nghệ hút bùn tại một số hồ… Đồng loạt xử lý ô nhiễm một số sông, hồ ở Hà Nội đã được chính quyền thành phố, các nhà khoa học, các công ty môi trường quyết tâm thực hiện cuộc 'cách mạng' môi trường để nước hồ có thể hết ô nhiễm sau xử lý.