Các hoạt động khai thác, sử dụng không hợp lý vùng bờ đã bộc lộ trên suốt chiều dài hơn 3.260 km bờ biển từ Bắc vào Nam, dẫn tới sự suy thoái các hệ sinh thái tại đây ngày càng gia tăng nghiêm trọng.
Nước ta có khoảng 1/3 dân số sinh sống ở các huyện ven biển, 60% số đô thị và khu công nghiệp lớn tập trung ở vùng cửa sông, ven biển. Do nguồn tài nguyên vùng này đa dạng và phong phú nên trở thành đối tượng khai thác của nhiều ngành kinh tế và cộng đồng dân cư. Các hoạt động khai thác, sử dụng không hợp lý vùng bờ đã bộc lộ trên suốt chiều dài hơn 3.260 km bờ biển từ Bắc vào Nam, dẫn tới sự suy thoái các hệ sinh thái tại đây ngày càng gia tăng nghiêm trọng.
Theo báo cáo của Tổng cục Biển và Hải đảo: Vùng biển ven bờ có 11.000 loài sinh vật cư trú trong hơn 20 kiểu hệ sinh thái điển hình. Chúng thuộc về 6 vùng đa dạng sinh học biển khác nhau, trong đó 3 vùng biển Móng Cái-Đồ Sơn, Hải Vân-Đại Lãnh và Đại Lãnh-Vũng Tàu có mức đa dạng sinh học cao hơn các vùng còn lại. Trong tổng số loài được phát hiện có khoảng 6.000 loài động vật đáy, 2.038 loài cá, 653 loài rong, 657 loài động vật phù du, 537 loài thực vật phù du, 94 loài thực vật ngập mặn, 225 loài tôm, 14 loài cỏ, 15 loài rắn, 12 loài thú, 5 loài rùa và 43 loài chim nước. Có tới 80% lượng thủy sản ở nước ta được khai thác ở vùng biển ven bờ, riêng năm 2008 ngành thủy sản đạt kim ngạch xuất khẩu gần 4 tỷ USD, trong đó chủ yếu được đánh bắt và nuôi trồng tại vùng biển ven bờ. Chính vì lẽ đó, vùng biển này đang phải đối mặt với vấn đề môi trường và tài nguyên và sự suy giảm đa dạng sinh học, do đánh bắt thủy sản quá mức, nhất là đánh bắt bằng các phương pháp hủy diệt làm cho 85 loài hải sản có mức độ nguy cấp khác nhau, trong đó nhiều loài vẫn đang là đối tượng bị tập trung khai thác.
Theo đánh giá của PGS.TS Nguyễn Chu Hồi, Phó Tổng cục trưởng Tổng cục Biển và Hải đảo Việt Nam: Môi trường vùng nước biển ven bờ đã bị ô nhiễm dầu, kẽm và các chất thải sinh hoạt; chất lượng trầm tích đáy biển cũng bị ô nhiễm quá mức cho phép. Hàm lượng hóa chất bảo vệ thực vật chủng Andrin và Endrin của các mẫu sinh vật đáy vùng cửa sông phía Bắc đều cao hơn giới hạn cho phép. Đa dạng sinh học động vật đáy ở ven biển miền Bắc và thực vật nổi ở miền Trung suy giảm rõ rệt. Hiện tượng thủy triều đỏ và bùng phát tảo nở hoa xuất hiện thường xuyên hơn ở ven bờ biển miền Trung như ở Nha Trang và Đà Nẵng.
Đặc biệt, vùng kinh tế trọng điểm ven biển phía Nam đã và đang thải vào các sông bình quân một lượng nước thải sinh hoạt 113.216 m3/ngày và nước thải công nghiệp tới 312.330 m3/ngày. Sông Sài Gòn, sông Vàm Cỏ bị axít hóa nặng do rửa trôi phèn từ các kênh rạch và chất thải gây nên. Ở vùng nước ven bờ hiện dầu thải lên mức 35-160 tấn/ngày, ni tơ 26-52 tấn/ngày và tổng số chất amonia 15-30 tấn/ngày cộng với mực nước biển dâng do biến đổi khí hậu, không những làm gia tăng sự suy thoái các hệ sinh thái mà còn đe dọa đến cuộc sống ổn định của cộng đồng ven biển.