Ngày 29/3/2012, thứ trưởng Bộ Nông nghiệp và Phát triển nông thôn Nguyễn Đăng Khoa ký quyết định phê duyệt “Quy hoạch bảo tồn và phát triển bền vững Vườn quốc gia (VQG) Yok Đôn giai đoạn 2010-2020”. Tổng vốn nhu cầu đầu tư khái toán được xác định là hơn 397 tỉ đồng, phân kỳ làm ba giai đoạn.
Cách đây tròn 10 năm, Thủ tướng Chính phủ ban hành Quyết định số 39/2002/QĐ-TTg mở rộng diện tích VQG Yok Đôn lên gấp đôi, từ 58.200 ha lên 115.545 ha. Theo bản quy hoạch mới, diện tích Vườn sẽ giảm khoảng 1.700ha và phân khu bảo vệ nghiêm ngặt thu hẹp gần 9.000ha.
Diện tích giảm vùng bảo vệ nghiêm ngặt này được bổ sung vào các phân khu phục hồi sinh thái (tăng từ 30.426 ha lên 35.501ha) và dịch vụ hành chính (tăng 51,5%, từ 4.172ha lên 6.346 ha).
Trong số gần 400 tỉ đồng dự kiến được đầu tư cho Yok Đôn trong 10 năm tiếp theo, vốn ngân sách nhà nước được quy hoạch 73,65%, phần còn lại sẽ được huy động từ các nhà đầu tư và hỗ trợ quốc tế. Số vốn này được phân bổ vào 10 đầu mục chương trình lớn, chủ yếu cho xây dựng cơ sở hạ tầng phát triển du lịch sinh thái, văn phòng, trang thiết bị làm việc và trạm kiểm lâm, các hồ thủy lợi, hồ sinh thái và trạm bơm, chiếm gần 58% tổng nhu cầu đầu tư.
Đầu tư cho các chương trình Bảo vệ, bảo tồn đa dạng sinh học và phát triển lâm nghiệp bền vững, Nghiên cứu khoa học khá khiêm tốn, với mỗi chương trình chưa đến 2% tổng vốn.
Đáng tiếc rằng với một VQG chịu áp lực khai thác tài nguyên rừng mạnh mẽ như Yok Đôn, đầu tư hỗ trợ phát triển kinh tế – xã hội vùng đệm trong giai đoạn 10 năm tới rất hạn hẹp, chỉ chiếm khoảng 1,7% tổng vốn. Trong số hàng loạt các chương trình hoạt động và giải pháp để bảo tồn và phát triển bền vững VQG được liệt kê trong bản quy hoạch, vai trò tham gia của cộng đồng cũng gần như không được đề cập hoặc có chăng rất mờ nhạt.Yok Đôn là VQG lớn nhất cả nước, là 1 trong 6 VQG trực thuộc quản lý trực tiếp của Bộ Nông nghiệp và Phát triển Nông thôn. Nơi đây có hệ sinh thái rừng khộp độc đáo với nhiều loài thú lớn quý hiếm như voi (Elephas maximus), bò tót (Bos gaurus), bò rừng (B. javanicus), hổ (Panthera tigris), nai cà-toong (Cervus eldii), voọc vá chân đen (Pygathrix nigripes), vượn đen má trắng (Hylobates gabriella). Tuy nhiên, Yok Đôn cũng chịu áp lực lớn từ dân di cư tự do.Trong những năm gần đây, Yok Đôn là một trong những điểm “rất nóng” về tiêu cực, săn bắt động vật hoang dã và phá rừng.