Năm 2011, Bộ GTVT và UBND TP.Hải Phòng đã thống nhất phương án vét 40 triệu m3 bùn, đổ vào khu đê chắn sóng và khu công nghiệp Đình Vũ. Tuy nhiên, đến năm 2012, cơ quan Hợp tác quốc tế Nhật Bản (JICA) lại chọn cách… đổ thẳng bùn ra biển.
Dự án đầu tư xây dựng cảng Lạch Huyện sử dụng nguồn vốn vay ODA của Chính phủ Nhật Bản và vốn đối ứng của Chính phủ Việt Nam. Một trong những hạng mục xây dựng cảng Lạch Huyện là nạo vét bùn, đất. Tổng cộng có khoảng 40 triệu m3 bùn đất sẽ được nạo vét. Phía JICA cho rằng, nếu đổ bùn ra biển, cự ly từ điểm hút đến vị trí xả bùn chỉ 16 km (phía Nam Cát Bà), luồng đường thông thoáng, chi phí 35 tỷ Yên. Phương án này không phải xây dựng đê bao và hố trung chuyển, cứ xả thẳng bùn ra biển (?!), không phải nạo vét luồng công vụ nên thời gian mất 41 tháng, bảo đảm tiến độ thực hiện dự án này. Điều đáng ngại là, ngày 3/4/2012, Bộ GTVT có Văn bản 2272/BGTVT-MT gửi UBND thành phố Hải Phòng và đề nghị: Thống nhất địa điểm đổ đất nạo vét ngoài vị trí KCN Nam Đình Vũ có thêm phương án đổ thải ra biển để Bộ Tài nguyên và Môi trường có đủ điều kiện thẩm định báo cáo đánh giá tác động môi trường (?!). Ngày 5/4/2012, UBND thành phố Hải Phòng cũng “nghe theo” Bộ GTVT bằng Văn bản số 1785/UBND-CT với nội dung: UBND thành phố Hải Phòng thống nhất về địa điểm đổ đất nạo vét ngoài vị trí KCN Nam Đình Vũ có thêm phương án đổ đất ra biển để Bộ Tài nguyên và Môi trường thẩm định báo cáo đánh giá tác động môi trường.
Theo các nhà khoa học, Cát Bà có diện tích 15.200 ha, trong đó có 9.000 ha rừng, 5.400 ha biển tạo nên một môi trường sinh thái lý tưởng, được UNESCO công nhận là Khu Dự trữ sinh quyển thế giới (KDTSQTG). Sinh vật biển đảo Cát Bà phong phú và đa dạng vào bậc nhất ở các vùng đảo phía Bắc nước ta với 2320 loài động, thực vật, trong đó, có gần 60 loài được coi là đặc hữu, quý hiếm nằm trong Sách đỏ Việt Nam và thế giới như chò đãi, kim giao, lá khôi, lát hoa, dẻ hương, thổ phục linh, trúc đũa, sến mật... Đây không chỉ là nơi lưu giữ và phát triển nguồn gene quý của vịnh Bắc Bộ, mà còn có nhiều loài động, thực vật có giá trị kinh tế cao.
Trước thông tin về đổ 40 triệu m3 bùn ra biển, các chuyên gia khoa học rất lo ngại, vì chỉ cần vứt rác ra biển hay đổ bùn ra biển, dù 1m3 cũng gây tác động xấu đến môi trường biển. Theo đó, ít nhất hệ sinh thái động thực vật đáy biển khu vực đổ thải đất bùn bị ảnh hưởng tiêu cực, thậm chí các lớp san hô, các loại dong, tảo biển nằm trong sách đỏ của Việt Nam và thế giới… bị san lấp và tiêu diệt. Mặt khác, 40 triệu m3 bùn sẽ làm thay đổi dòng chảy, thay đổi chế độ sóng và thủy triều của khu vực biển Hải Phòng, Quảng Ninh. PGS.TS. Đỗ Công Thung- Chuyên nghiên cứu về sinh thái và tài nguyên động vật biển nhận định, nếu đổ bùn ra biển, chắc chắn không tránh khỏi việc gây ô nhiễm và hủy diệt toàn bộ động, thực vật khu vực quần đảo Cát Bà, đặc biệt là san hô. Phương án này tuyệt đối không an toàn cho môi sinh biển đảo Cát Bà, thậm chí cả vùng biển lân cận.