Nguồn nước sử dụng tưới cây, sinh hoạt, ăn uống ở khu du lịch là hồ chứa nước tự nhiên có dung tích chứa hơn 400 m3. Lưu lượng nước thải bình quân là 25m3/ngày. Kể từ khi đưa vào hoạt động DNTN Du lịch Thanh Bình đã tạo mọi điều kiện thuận lợi để Khu du lịch Vườn Đá hoạt động. Đây là khu du lịch sinh thái, nghỉ dưỡng, chữa bệnh, du khách đến đây được tận hưởng cảnh quan thiên nhiên và khí hậu trong lành của biển. Do vậy, khu du lịch này ngày càng được nhiều người biết đến.
Tuy nhiên, Khu Du lịch Vườn Đá vẫn còn nhiều mặt chưa tốt, nhất là trên lĩnh vực bảo vệ môi trường. Hiện khu du lịch chưa có hệ thống xử lý nước thải đạt tiêu chuẩn môi trường. Qua quan sát tại cơ sở thấy nước thải từ các nhà nghỉ có hầm tự hoại riêng và cho tự thấm. Nước thải nhà hàng cho vào hầm 3 ngăn (có tráng đáy), diện tích rộng khoảng 3 mét, dài 5 mét, sâu 1,2 mét. Khi đầy thì nước chảy tràn tự thấm. Tại thời điểm (tháng 5/2009) cơ quan chức năng kiểm tra thấy nước thải nhà hàng chứa trong hầm 3 ngăn tráng đáy, tràn ra ngoài môi trường. Như vậy, đến nay Khu Du lịch Vườn Đá vẫn chưa có hệ thống xử lý nước thải theo đúng yêu cầu tại bản đăng ký đạt tiêu chuẩn môi trường và cũng chưa hoàn thành việc xây dựng hệ thống xử lý nước thải theo đúng thời hạn mà cơ quan chức năng yêu cầu trước ngày 31/12/2008. Qua kiểm tra mẫu nước thải tại hầm chứa của nhà hàng chảy tràn ra ngoài môi trường để phân tích 5 thông số gây ô nhiễm (nitrat, phosphate, BOD5, TSS, coliforms) cho thấy bình quân của 5 thông số trên bằng 4401,6 lần quy chuẩn cho phép… Mặt khác, khi cơ quan chức năng kiểm tra còn phát hiện doanh nghiệp đang thực hiện việc khai thác đá tại bờ biển…
Từ những vấn đề trên cho thấy: Khu Du lịch Vườn Đá của DNTN du lịch Thanh Bình đã vi phạm Nghị định 81/2006/NĐ-CP đối với hành vi không thực hiện đầy đủ các nội dung đã nêu trong bản đăng ký đạt tiêu chuẩn môi trường và đối với hành vi xả nước thải vượt chuẩn cho phép từ 10 lần trở lên trong trường hợp thải lượng nước nhỏ hơn 50 m3/ngày. Thiết nghĩ, Doanh nghiệp Du lịch Thanh Bình cần sớm chấm dứt việc xả nước thải chưa qua xử lý ra ngoài môi trường; đồng thời khẩn trương xây dựng hoàn thành hệ thống thu gom, xử lý nước thải tập trung để bảo đảm nước thải ra ngoài môi trường đạt tiêu chuẩn, quy chuẩn kỹ thuật quốc gia về môi trường cho phép. Mặt khác, doanh nghiệp cần chấm dứt việc khai thác đá tại bờ biển để cảnh quan thiên nhiên bờ biển không bị phá vỡ. Hơn nữa đây là loại khoáng sản cần phải được cấp có thẩm quyền cho phép. Được biết, với những hành vi vi phạm nói trên của DNTN du lịch Thanh Bình, ngành chức năng đã tham mưu cho UBND tỉnh xử lý hành vi hành chính đối với doanh nghiệp bằng hình thức phạt tiền và buộc doanh nghiệp có giải pháp xây dựng hoàn thành hệ thống xử lý nước thải trong thời gian sớm nhất.