Hệ đầm phá Tam Giang - Cầu Hai (Thừa Thiên - Huế) có diện tích hơn 22.000 ha, giàu tài nguyên động, thực vật và được đánh giá là phong phú nhất ở khu vực Đông Nam Á. Khu vực này có tới 230 loài cá, tôm (trong đó có 30 loại tôm, cá có giá trị kinh tế), chiếm 1/3 sản lượng khai thác hàng năm của địa phương.
Ngoài ra ở đây hiện có 63 loài động vật đáy, 43 loài rong, 70 loại chim, 15 loại cò biển, 171 loài phù du thực vật, 37 loại phù du động vật... song nguồn lợi thuỷ sản đang đứng trước nguy cơ ngày một cạn kiệt.
Trước thực trạng trên, tỉnh Thừa Thiên - Huế đang thực hiện nhiều biện pháp khắc phục tình trạng đánh bắt theo lối tự nhiên, không đi đôi với bảo vệ môi trường; ngăn chặn việc đánh bắt mang tính huỷ diệt như dùng xung điện, giã cào, đặt lừ, nò sáo... làm cạn kiệt nguồn lợi thuỷ sản.
Tại huyện Phú Lộc, tỉnh triển khai thực hiện mô hình bàn giao mặt nước đầm phá cho địa phương và người dân quản lý, khắc phục tình trạng "mạnh ai nấy làm" trong việc đánh bắt, nuôi trồng hoặc khai thác quá mức nguồn lợi thuỷ sản, làm giảm đáng kể nguồn lợi và tài nguyên đa dạng sinh học của vùng đầm phá.
Tại các xã Lộc Bình, Vinh Hiền và Thị trấn Lăng Cô... khi được giao quản lý diện tích mặt nước, người dân có ý thức hơn trong việc kết hợp sử dụng, đánh bắt và bảo vệ môi trường tốt hơn. Đây là một chủ trương đúng, có ý nghĩa thiết thực trong việc chung tay quản lý bền vững nguồn tài nguyên đầm phá, cần được nhân rộng trên địa bàn.
Tại huyện Phú Vang, tỉnh Thừa Thiên - Huế đã thành lập Khu bảo vệ thủy sản Cồn Chìm tại xã Vinh Phú (thuộc hệ đầm phá Tam Giang - Cầu Hai) với diện tích 23,6ha. Đây là khu bảo tồn nguồn lợi thuỷ sản đầu tiên trên địa bàn được thành lập nhằm mục tiêu xây dựng thí điểm khu bảo vệ thuỷ sản dựa vào cộng đồng, bảo vệ các bãi giống, bãi đẻ, nguồn lợi thủy sản tự nhiên trên đầm phá. Khu bảo vệ thực hiện cấm hoàn toàn các hoạt động kinh tế làm ảnh hưởng đến nguồn lợi thuỷ sản tự nhiên và môi trường thuỷ sinh.
Hoạt động giao thông thuỷ được phép qua lại nhưng không được dừng tàu thuyền lại trong khu bảo vệ; hoạt động du lịch sinh thái được phép khi có sự tham gia và giám sát của cộng đồng ngư dân địa phương. Các khu vực khác như Lăng Cô (huyện Phú Lộc), đầm Sam, Chuồn (huyện Phú Vang)... cũng đang xúc tiến thành lập các khu bảo vệ nguồn lợi thuỷ sản.
Nhiều địa phương trong vùng còn xây dựng được 16 mô hình tổ tự quản, phát huy vai trò cộng đồng trong sản xuất, phòng chống dịch bệnh trong việc nuôi trồng thuỷ sản, nhất là nuôi tôm sú trên đầm phá. Các địa phương cũng đầu tư, liên kết trong việc xây dựng hạ tầng nuôi trồng, xử lý nước thải của các ao nuôi liền kề, không để tình trạng mạnh ai nấy thải làm ảnh hưởng đến môi trường chung.