Đây là cơ sở khoa học giúp cho VCF thực hiện mục tiêu bảo tồn đa dạng sinh học của 53 khu bảo tồn thiên nhiên có ý nghĩa toàn cầu trong hệ thống rừng đặc dụng Việt Nam, thông qua cung cấp các hỗ trợ tài chính thí điểm và trợ giúp kỹ thuật. Qua đó, sẽ thiết lập một cơ chế tài chính bền vững để cung cấp vốn lâu dài cho các bảo tồn đa dạng sinh học trong hệ thống rừng đặc dụng Việt Nam.
Từ khảo sát thực địa trên diện tích 1,7 triệu ha, chiếm khoảng 80% tổng diện tích các khu bảo tồn trong cả nước và phỏng vấn Ban lãnh đạo của 53 khu bảo tồn, nhóm tư vấn thuộc VCF đã đi đến kết luận: Mặc dù nguồn tài chính hiện nay của các khu bảo tồn là từ nguồn ngân sách Nhà nước, các dự án đầu tư nước ngoài và một phần từ hoạt động sản xuất kinh doanh, trong đó ngân sách Nhà nước đầu tư chiếm tỷ lệ hơn 80%. Tuy vậy, cơ chế quản lý còn nhiều bất cập như: Kinh phí thường xuyên do Chi cục Kiểm lâm quản lý; Chương trình 661 lại do Sở Nông nghiệp và Phát triển nông thôn quản lý; còn các dự án đầu tư nước ngoài thường có ban quản lý riêng. Mặt khác, đối với các khu bảo tồn trực thuộc tỉnh tổng kinh phí đầu tư bình quân chung chỉ đạt 340 USD/km2/năm, chủ yếu chỉ để chi lương cho đội ngũ quản lý; rất thiếu kinh phí đầu tư cho các hoạt động bảo tồn đa dạng sinh học cũng như đào tạo nhân lực, nên ảnh hưởng rất lớn đến hiệu quả của công tác bảo tồn. Các khu bảo tồn thuộc các cấp quản lý từ Trung ương đến địa phương đều thiếu vốn, nhân lực và trình độ để triển khai hiệu quả các hoạt động sản xuất kinh doanh và dịch vụ phát huy lợi thế, tạo nguồn vốn tái đầu tư cho hoạt động bảo tồn...