Mở rộng, phát triển hệ thống khu bảo tồn thiên nhiên là một trong những mục tiêu đầu tiên được đề cập trong bản Kế hoạch hành động quốc gia về đa dạng sinh học giai đoạn 2007-2010. Theo báo cáo hiện trạng môi trường quốc gia năm 2005 cả nước có 126 khu rừng đặc dụng với tổng diện tích khoảng 2,5 triệu ha. Sau 5 năm, hệ thống rừng đặc dụng được bổ sung 38 khu nhưng diện tích bảo vệ chỉ còn xấp xỉ 2,2 triệu ha.
Tính đến nay, cả nước có 164 rừng đặc dụng, tăng khoảng 30% so với năm 2005, tuy nhiên, diện tích rừng đặc dụng đã thu hẹp, giảm 16%.
Trong bản báo cáo tổng kết, đánh giá 3 năm thực hiện kế hoạch hành động quốc gia về đa dạng sinh học giai đoạn 2007-2010, sự chênh lệch này được giải thích là bởi trong quá trình rà soát cơ quan chức năng đã loại bỏ một số diện tích mặt biển, rừng đặc dụng không đáp ứng tiêu chí bảo tồn, một số khu văn hoá lịch sử môi trường chuyển giao cho Bộ Văn hoá Thể thao Du lịch quản lý, bóc tách diện tích đất canh tác và đất thổ cư bên trong các rừng đặc dụng.
Rất có thể quá trình rà soát này giúp chúng ta có được con số thực tế hơn về diện tích các khu bảo tồn, song nếu đặt phép tính chia bình quân, có thể thấy nếu như năm 2005, trung bình diện tích mỗi khu bảo tồn khoảng 19.000 ha, thì nay con số là 13.000 ha, tức chỉ còn 2/3.
Với một mức giảm lớn như vậy, người ta không khỏi đặt câu hỏi. Liệu sự thu hẹp đáng kể này có phải hoàn toàn nhờ chúng ta chặt chẽ hơn khi rà soát rừng và dám nhìn nhận con số sát với thực tiễn hơn, hay bởi bản thân diện tích rừng đặc dụng vẫn đang bị móc ruột, xuống cấp và chuyển đổi. Liệu rằng con số bình quân 13.000 ha này sẽ có tiếp tục bị thu hẹp trong những lần rà soát rừng đặc dụng sau này hay không?
Những nghi vấn này được đặt ra trong một bức tranh tươi sáng: độ che phủ rừng trên cả nước trong thời gian qua không ngừng tăng. Đến hết năm 2009, độ che phủ rừng trên cả nước đạt 39,1%, tăng 0,9% so với năm 2006 và 2,4% so với năm 2004.
Thừa nhận rằng diện tích rừng có gia tăng, nhưng theo đánh giá của bản báo cáo tổng kết nêu trên, tại một số tỉnh miền núi có chức năng đầu nguồn cấp nước cho các con sông tỉ lệ che phủ rừng còn thấp so với khả năng tự nhiên, dao động dưới 50%. Trong khi đó, bản báo cáo cũng đưa ra nhận định "để đảm bảo điều hoà nguồn nước, chống xói mòn, hạn chế lũ lụt, tại các tỉnh miền núi độ che phủ rừng phải đạt ít nhất 68-70% ".
Hiện nay, ba tỉnh có tỉ lệ che phủ rừng cao nhất cả nước là Kon Tum (66,7%), Quảng Bình (66,6%) và Tuyên Quang (62,8%). Song đây cũng chỉ là con số định lượng, chưa xét đến chất lượng rừng.
Báo cáo cho biết chủ yếu diện tích rừng tăng trong thời gian qua là rừng trồng, trong khi rừng tự nhiên vẫn không ngừng bị xâm hại và giảm mạnh. Trên cả nước, tổng diện tích rừng nguyên sinh chỉ còn khoảng 0,57 triệu ha, chiếm khoảng 4% tổng diện tích rừng. Số rừng này phân tán và bị cô lập, hầu như khó có cơ hội phục hồi trở lại.