Trong những năm qua, chất lượng môi trường trên địa bàn tỉnh Ninh Bình đã có chuyển biến tích cực: năng lực, tổ chức bộ máy quản lý Nhà nước về bảo vệ môi trường được củng cố và tăng cường; nhận thức về bảo vệ môi trường trong các cấp, các ngành và nhân dân được nâng lên; mức độ gia tăng ô nhiễm, suy thoái và sự cố môi trường đã từng bước được hạn chế. Bên cạnh những thành quả đạt được thì một số vấn đề như: tốc độ đô thị hoá nhanh, sự tập trung dân cư vào những vùng có tiềm năng phát triển công nghiệp và du lịch ngày càng ảnh hưởng xấu đến hệ sinh thái và cảnh quan tự nhiên; việc khai thác, sử dụng chưa hợp lý nguồn tài nguyên thiên nhiên, chất thải chưa được thu gom và xử lý đảm bảo an toàn về môi trường, do đó đã và đang gây ô nhiễm, suy thoái môi trường, làm mất cân bằng sinh thái,... đây là nguy cơ tiềm ẩn đe dọa sự phát triển bền vững.
Theo điều tra, môi trường nước tại một số hồ, sông, suối nhỏ vẫn tiếp tục bị ô nhiễm: nước sông Đáy bị ô nhiễm do tiếp nhận nước thải công nghiệp, nước thải sinh hoạt của các tỉnh thuộc lưu vực sông Nhuệ - sông Đáy như Hà Nam, Hòa Bình và Thành phố Hà nội, đây cũng là nguy cơ lớn nhất dẫn đến ô nhiễm môi trường biển ven bờ của Ninh Bình. Điều cần đặc biệt quan tâm là nước sông Đáy là nguồn nước cấp sinh hoạt cho toàn bộ nhân dân thành phố Ninh Bình và khoảng 25% dân số toàn tỉnh. Nước thải công nghiệp và nước thải sinh hoạt ở khu vực đô thị chưa được xử lý triệt để làm cho nguồn nước một số nơi, một số vùng ô nhiễm nặng. Mực nước ngầm khu vưc huyện Yên Khánh, Kim Sơn có xu hướng tụt nhanh và bị ô nhiễm do khai thác quá mức.
Du lịch được coi là ngành kinh tế “mũi nhọn” của Ninh Bình, với chiến lược lâu dài, sau đó là sự phát triển các khu, cụm công nghiệp. “Bài toán” đặt ra là làm sao để phát triển hài hòa giữa sản xuất với bảo vệ môi trường nhằm phát triển kinh tế - xã hội một cách bền vững trên địa bàn.
Để tổ chức thực hiện tốt công tác BVMT trên địa bàn tỉnh theo định hướng phát triển bền vững, trong thời gian tới cần tiếp tục tăng cường công tác điều tra cơ bản môi trường, quan trắc đánh giá hiện trạng và dự báo diễn biến môi trường để từ đó đề xuất giải pháp ứng phó kịp thời, trong đó chú trọng điều tra môi trường lưu vực sông Đáy, khu vực bãi bồi ven biển Kim Sơn, môi trường trong khai thác khoáng sản, cụ thể như sau:
Thứ nhất, tăng cường năng lực cán bộ công tác quản lý môi trường ở cả ba cấp (tỉnh, huyện, xã), đặc biệt là ở cấp huyện. Thống nhất quy trình xây dựng kế hoạch và quản lý nguồn vốn sự nghiệp môi trường để tăng cường hiệu quả đầu tư và phù hợp với mục tiêu, kế hoạch và chiến lược phát triển bền vững của tỉnh.
Thứ hai, quản lý, khai thác và sử dụng tiết kiệm nguồn tài nguyên thiên nhiên: Quy hoạch, khoanh vùng khai thác khoáng sản,đảm bảo sử dụng hợp lý, tiết kiệm nguồn tài nguyên khoáng sản đi đôi với bảo vệ môi trường. Quy hoạch khai thác và sử dụng nguồn tài nguyên nước mặt cũng như nước ngầm trên toàn tỉnh cũng như phối kết hợp với các địa phương khác trong lưu vực.
Thứ ba, tăng cường quản lý chất thải rắn và chất thải nguy hại: tiến hành đánh giá thực trạng công tác quản lý chất thải rắn và chất thải nguy hại trên địa bàn toàn tỉnh, từ đó xây dựng chiến lược, kế hoạch quản lý chất thải rắn từ tỉnh xuống cơ sở. Khẩn trương hoàn thành dự án xây dựng Nhà máy chế biến rác thải tại thị xã Tam Điệp, xây dựng bãi chôn lấp xử lý rác thải thứ hai của tỉnh; xây dựng khu xử lý chất thải nguy hại cho tỉnh - hiện nay chưa có khu vực và giải pháp nào để xử lý riêng biệt các loại chất thải nguy hại.
Thứ tư, tăng cường bảo tồn đa dạng sinh học, hệ sinh thái tự nhiên: Điều tra đánh giá chính xác đa dạng sinh học của động thực vật trong tỉnh; đặc biệt quan tâm bảo vệ các hệ sinh thái của các khu vực khai thác du lịch như khu hang động Tràng An, Khu bảo tồn thiên nhiên Vân Long. Tăng cường các biện pháp cơ học và sinh học chống cháy rừng và phòng trừ sâu hại.
Thứ năm, phòng ngừa những tác động xấu đối với môi trường: Phương châm bảo vệ môi trường phải lấy phòng ngừa và hạn chế những tác động đối với môi trường là chủ yếu, xem xét chặt chẽ sự bảo đảm yêu cầu về môi trường đối với các quy hoạch, dự án đầu tư ngay từ khâu phê duyệt, cấp phép; hạn chế phê duyệt và tiến tới cấm những dự án có tác động lớn hoặc tiềm ẩn nguy cơ cao đối với môi trường; đồng thời kiên quyết không cho phép đưa vào vận hành, sử dụng các cơ sở sản xuất không đáp ứng đầy đủ các yêu cầu về bảo vệ môi trường.
Cuối cùng, cần tăng cường công tác tuyên truyền, giáo dục nâng cao nhận thức, ý thức trách nhiệm về bảo vệ môi trường cho mọi cán bộ công chức viên chức, nhà doanh nghiệp, tầng lớp nhân nhân nhằm xã hội hóa sâu rộng công tác bảo vệ môi trường, tạo dựng thói quen, nếp sống và phong trào quần chúng bảo vệ môi trường.