Chi cục Bảo vệ môi trường Tây Nam bộ kiến nghị các tỉnh Đồng bằng sông Cửu Long (ĐBSCL) qui hoạch môi trường dài hạn cho các hệ sinh thái, hệ canh tác nông nghiệp, lâm nghiệp, thủy sản, các khu dân cư đô thị, khu công nghiệp tập trung; xây dựng và ban hành các chính sách phát triển từng vùng sinh thái tại ĐBSCL.
Trước mắt, các tỉnh ĐBSCL cần đánh giá diễn biến, bảo vệ môi trường vùng ngập lũ và xâm nhập mặn. Các địa phương cần có chương trình hành động cụ thể để thực hiện chủ trương của trung ương về tăng cường đào tạo cán bộ, trang bị cơ sở hạ tầng kỹ thuật để nâng cao năng lực quản lý về mặt bảo vệ môi trường; xử lý nghiêm những đối tượng gây ô nhiễm nghiêm trọng; chú trọng đầu tư nâng cao năng lực quan trắc môi trường, dự báo môi trường, năng lực công nghệ nhằm xử lý nhanh các vấn đề bức xúc về môi trường phát sinh. Các tỉnh cần tổ chức diễn đàn trong và ngoài nước nhằm nâng cao khả năng hợp tác, cùng bảo vệ môi trường trong khu vực; xây dựng chính sách hấp dẫn nhằm thu hút đầu tư quốc tế trong bảo vệ môi trường, nhất là bảo vệ hệ sinh thái và đa dạng sinh học. Bên cạnh đó, các địa phương của ĐBSCL đẩy mạnh chuyển giao, ứng dụng công nghệ xử lý môi trường; tăng cường giáo dục, truyền thông môi trường cũng như xã hội hóa công tác bảo vệ môi trường, tạo ra phong trào toàn dân tích cực tham gia bảo vệ môi trường.
Theo Chi cục Bảo vệ môi trường Tây Nam Bộ, nhiều năm qua, công tác bảo vệ môi trường sinh thái tại ĐBSCL còn bất cập. Năm 1995, diện tích nuôi trồng thủy sản cả vùng là gần 200.000 ha thì hiện nay đã lên tới 700.000 ha nhưng chất thải nuôi trồng chưa được xử lý hiệu quả. Cộng với tình trạng nước mặn xâm nhập cũng gia tăng, sử dụng thuốc bảo vệ thực vật quá mức, nguồn chất thải sinh họat, sản xuất công nghiệp...đang gây suy thoái môi trường đất, nước. Rừng ngập mặn ĐBSCL trước đây có 239 loài cây, 36 loài thú, 182 loài chim, 34 loài bò sát , 6 loài lưỡng cư, 260 loài cá nhưng đến nay chỉ còn có vài chục loài, có loài bị nguy cơ tuyệt chủng. Hoạt động đánh bắt thủy sản trên biển, phát triển giao thông sông biển, thăm dò, khai thác dầu khí, các khu du lịch ven biển, tàu thuyền đậu ở các cảng cá...cũng thải chất độc hại vào môi trường nước biển. Đặc biệt, tại các đô thị đang gia tăng mức độ ô nhiễm môi trường vì dân số tại đây tăng cao với 3,34 triệu người, nước thải 102 triệu mét khối/năm, chất thải rắn hơn 600.000 tấn/năm. Toàn vùng ĐBSCL hiện có 68 khu công nghiệp và 75.000 cơ sở sản xuất công nghiệp thải ra môi trường hơn 47 triệu tấn nước thải/năm, hơn 220.000 tấn chất thải rắn/năm.