Là Di sản Thiên nhiên thế giới do UNESCO công nhận theo tiêu chí địa chất, địa mạo, vườn quốc gia (VQG) Phong Nha - Kẻ Bàng nổi tiếng với địa hình đặc trưng là núi đá vôi cổ có giá trị nhất ở Đông Nam Á và thế giới, có cảnh quan thiên nhiên hùng vĩ, hệ thống hang động đẹp, tính đa dạng về sinh học và nhiều di tích lịch sử, văn hóa... nên từ lâu đã trở thành điểm đến được du khách trong và ngoài nước lựa chọn.
VQG Phong Nha - Kẻ Bàng là một trong những trung tâm đa dạng sinh học tiêu biểu của trái đất. Theo đánh giá của Quỹ Quốc tế về Bảo tồn Thiên nhiên (WWF), VQG Phong Nha - Kẻ Bàng nằm trong vùng sinh thái Bắc Trường Sơn là một trong 238 vùng sinh thái quan trọng nhất trên toàn cầu. Với sự đa dạng, độc đáo và các nguy cơ đe dọa, Phong Nha - Kẻ Bàng đã và đang được xếp vào danh sách các khu vực bảo vệ đa dạng sinh học quan trọng ưu tiên trong kế hoạch hành động bảo tồn đa dạng sinh học quốc gia.
Trong VQG Phong Nha - Kẻ Bàng, độ che phủ của rừng chiếm tới 96,2% diện tích, trong đó rừng nguyên sinh ít bị tác động chiếm 92,2% tổng diện tích. Có thể khẳng định, đây là một VQG có độ che phủ và tỷ lệ rừng nguyên sinh lớn nhất trong hệ thống các khu rừng đặc dụng của nước ta.
Do độ che phủ rất cao của thảm thực vật và rừng nguyên sinh ít bị tác động nên hệ thực vật ở đây được bảo tồn và phát triển mạnh, bao gồm 1.762 loài thực vật bậc cao có mạch với 710 chi, 162 loài. Đây còn là trung tâm phân bố của một số loài thực vật đặc hữu hẹp, với 13 loài. Khoảng 63 loài thực vật được coi là có nguy cơ bị tiêu diệt, trong đó có 38 loài ghi trong sách đỏ của Việt Nam và 25 loài được ghi trong danh sách các loài bị đe dọa toàn cầu.
Phong Nha - Kẻ Bàng có trên 800 loài cây tài nguyên, thuộc 7 nhóm công dụng như: nhóm lấy gỗ, nhóm cây dầu nhựa (86 loài), nhóm cây làm thuốc (186 loài); nhóm cây ăn được (156 loài), nhóm cây dùng đan lát và cho sợi (42 loài), nhóm cây làm cảnh và bóng mát (93 loài); nhóm cây cho thuốc nhuộm (54 loài).
VQG Phong Nha - Kẻ Bàng là trung tâm đa dạng động vật nổi tiếng của Việt Nam cũng như trên thế giới. Thành phần loài các nhóm động vật ở đây rất phong phú, đa dạng và chiếm tỷ lệ khá lớn (47 - 100%) so với số loài đã phát hiện ở khu vực Bắc Trường Sơn.
Trong hệ động vật ở Phong Nha - Kẻ Bàng, có 68 loài được ghi trong sách đỏ của Việt Nam (1994), 44 loài được ưu tiên bảo vệ mức độ toàn cầu và được ghi trong sách đỏ các loài động vật có nguy cơ đe dọa của Liên minh Bảo tồn Thiên nhiên quốc tế (IUCN, 1997).
Hiện nay, để hoàn chỉnh hồ sơ trình UNESCO đề nghị công nhận VQG Phong Nha - Kẻ Bàng là Di sản Thiên nhiên thế giới lần thứ hai về tiêu chí đa dạng sinh học, nhiều đoàn khảo sát, nghiên cứu trong nước và quốc tế đã tìm kiếm, phát hiện nhiều loài động thực vật mới, các loài quý hiếm, có nguy cơ đe dọa tuyệt chủng. Trong năm 2005, tại Phong Nha - Kẻ Bàng các nhà khoa học đã phát hiện thêm nhiều loài thực vật có nguy cơ tuyệt chủng cao như: bách xanh đá, lan hài đốm, lan hài xanh, lan hài xoắn; phát hiện 10 loài cá mới và 4 loài bò sát: tắc kè Phong Nha, rắn mai gầm thành, rắn lục Trường Sơn và thằn lằn tai; tái phát hiện sau 50 năm loài rắn lục sừng.
Ngày 3/4/2011, Trung tâm Nghiên cứu Khoa học và Cứu hộ thuộc Ban Quản lý VQG Phong Nha - Kẻ Bàng cho biết: các nhà khoa học đã công bố thêm ba loài mới vừa được phát hiện gồm: chim chích núi đá vôi, bò cạp Việt, thu hải đường.
Với những giá trị hiện có, VQG Phong Nha - Kẻ Bàng xứng đáng được UNESCO công nhận là Di sản Thiên nhiên thế giới lần thứ hai theo tiêu chí đa dạng sinh học, sau tiêu chí địa chất, địa mạo đã được UNESCO công nhận lần thứ nhất./.