Thực hiện Nghị quyết số 41 ngày 15-11-2004 của Bộ Chính trị về bảo vệ môi trường trong thời kỳ CNH-HĐH đất nước và Quyết định số 256 ngày 2-12-2003 của Thủ tướng Chính phủ về việc phê duyệt chiến lược bảo vệ môi trường quốc gia đến năm 2010, định hướng đến năm 2020; UBND tỉnh Bắc Ninh đã có Quyết định số 2218 ngày 11-1-2005 về việc phê duyệt Đề án quy hoạch môi trường giai đoạn 2006-2020 và kế hoạch bảo vệ môi trường tỉnh Bắc Ninh giai đoạn 2006-2010.
Sau 5 năm triển khai thực hiện, về cơ bản một số mục tiêu bảo vệ môi trường chủ yếu đề ra trong kế hoạch đã hoàn thành. Tuy nhiên vẫn còn một số mục tiêu chưa đạt, cụ thể trong số 12 mục tiêu đặt ra trong kế hoạch có 6 mục tiêu đạt 100% so với kế hoạch, 3 mục tiêu đạt trên 80% so với kế hoạch và 3 mục tiêu đạt dưới 65%. Các mục tiêu đạt so với kế hoạch đề ra bao gồm cơ sở sản xuất xây dựng mới có công nghệ sạch hoặc có thiết bị giảm thiểu ô nhiễm môi trường, xử lý chất thải đạt tiêu chuẩn môi trường; các khu công nghiệp có hệ thống xử lý nước thải tập trung; kiểm soát hoá chất độc hại; hệ thống tiêu thoát nước đô thị; tỷ lệ dân được sử dụng nước sạch. Các mục tiêu đạt trên 80% so với kế hoạch bao gồm tỷ lệ cây xanh đường phố; cải tạo các kênh, mương, sông chảy qua đô thị, chất lượng nước các lưu vực phục vụ cho nông nghiệp và nuôi trồng thuỷ sản; tỷ lệ các cơ sở sản xuất kinh doanh đạt tiêu chuẩn vệ sinh an toàn lao động. Các mục tiêu đạt dưới 65% so với kế hoạch gồm tỷ lệ các cơ sở sản xuất kinh doanh được cấp chứng nhận ISO 14001; tỷ lệ thu gom rác thải sinh hoạt; xử lý triệt để các cơ sở gây ô nhiễm môi trường theo Quyết định 64 của Chính phủ.
Trong kế hoạch bảo vệ môi trường giai đoạn 2006 - 2010 Bắc Ninh đã ưu tiên đầu tư một số dự án như: Dự án đầu tư xây dựng khu xử lý chất thải tại xã Phù Lãng, huyện Quế Võ; xây dựng hệ thống xử lý nước thải tập trung làng nghề giấy Phong Khê, hệ thống xử lý nước thải sinh hoạt thành phố Bắc Ninh; hệ thống xử lý nước thải tập trung thị xã Từ Sơn; xử lý nước thải các KCN Quế Võ, Tiên Sơn, Yên Phong, VSIP; Dự án đầu tư xử lý nước thải Bệnh viện Đa khoa Bắc Ninh, xử lý chất thải các bệnh viện tuyến huyện. Dự án xử lý nước thải làng nghề sản xuất bún Khắc Niệm; Dự án 06 mô hình xử lý khí thải làng nghề đúc kim loại mầu Văn Môn, Quảng Bố và Đại Bái do Chính phủ Nhật Bản tài trợ; Dự án đầu tư xây dựng hệ thống xử lý nước thải thôn Đào Xá xã Phong Khê TP Bắc Ninh trong giai đoạn 3 của dự án cải thiện môi trường làng nghề giấy Phong Khê do tổ chức phi chính phủ Cộng hoà Séc và Canada hỗ trợ. Đề án đầu tư xây dựng điểm tập kết rác thải nông thôn trên địa bàn toàn tỉnh đã hoàn thiện được 395/591 điểm chiếm 66,8%. Chương trình xử lý chất thải chăn nuôi gia súc, gia cầm đã xây dựng 1.300 hầm biogas.
Trên thực tế tuy mức độ ô nhiễm môi trường nhìn chung bước đầu đã được ngăn chặn, song một số nơi có xu hướng gia tăng như tại các làng nghề, cụm công nghiệp sản xuất giấy, luyện cán thép và ô nhiễm nước thải sinh hoạt ở nông thôn. Chính sách hỗ trợ kinh phí của Nhà nước chưa mở rộng, đối tượng hỗ trợ còn hẹp nên không đủ kinh phí cho xử lý ô nhiễm môi trường. Hệ thống văn bản quy phạm pháp luật về môi trường tuy đã ban hành nhưng chưa đồng bộ, thiếu kịp thời, nhiều khi không rõ ràng gây khó khăn khi thực hiện. Lực lượng cán bộ làm công tác môi trường chưa thực sự đủ mạnh cả về chất và lượng, nhất là ở cấp xã thiếu cán bộ chuyên trách về công tác môi trường.
Mục tiêu Bắc Ninh phấn đấu đến năm 2020 có 80% cơ sở sản xuất, kinh doanh được cấp Giấy chứng nhận đạt tiêu chuẩn môi trường hoặc Chứng chỉ ISO 14001. 100% đô thị, khu công nghiệp, cụm công nghiệp và các làng nghề truyền thống có hệ thống xử lý nước thải tập trung đạt quy chuẩn môi trường. Hoàn thành kế hoạch di dời các cơ sở gây ô nhiễm môi trường ra khỏi khu vực dân cư, xử lý quy hoạch chuyển đổi khu công nghiệp Hạp Lĩnh - Khắc Niệm, cụm công nghiệp Võ Cường trở thành khu thương mại dịch vụ đô thị. Hình thành và phát triển ngành công nghiệp tái chế chất thải để tái sử dụng, phấn đấu 30% chất thải thu gom được tái chế. 100% dân số đô thị và 95% dân số nông thôn được sử dụng nước sạch. 95% rác thải sinh hoạt, 100% rác thải y tế được thu gom, xử lý. 100% sản phẩm, hàng hoá xuất khẩu và 50% hàng hoá tiêu dùng trong tỉnh được ghi nhãn môi trường theo tiêu chuẩn ISO 14021.
Để đạt mục tiêu đề ra, Bắc Ninh tập trung chỉ đạo xây dựng cơ chế, chính sách ưu đãi và hỗ trợ đối với các doanh nghiệp thay đổi, cải tiến công nghệ sản xuất ít gây ô nhiễm và thân thiện với môi trường hoặc áp dụng công nghệ mới trong xử lý và tái chế chất thải. Thành lập Quỹ bảo vệ môi trường tỉnh Bắc Ninh nhằm hỗ trợ, tăng cường nguồn lực kinh phí đầu tư xây dựng các công trình xử lý môi trường, giải quyết ô nhiễm môi trường trọng điểm tại các làng nghề và các dự án thuộc chương trình mục tiêu quốc gia. Đẩy nhanh tiến độ thực hiện các dự án, công trình trọng điểm. Tăng cường nguồn lực đầu tư từ ngân sách nhà nước, doanh nghiệp, cộng đồng dân cư, tổ chức, cá nhân trong và ngoài nước, đồng thời có cơ chế chính sách ưu đãi, khuyến khích để huy động, thu hút đầu tư có hiệu quả cho công tác bảo vệ môi trường. Giai đoạn 2011 - 2015 tổng kinh phí triển khai thực hiện các chương trình, đề án là 3.863 tỷ đồng.
Đây chính là tiền đề quan trọng để xây dựng tỉnh Bắc Ninh đến năm 2015 cơ bản trở thành tỉnh công nghiệp, đảm bảo hài hòa giữa tăng trưởng kinh tế, thực hiện tiến bộ, công bằng xã hội và bảo vệ môi trường trong chiến lược phát triển bền vững.