Để có thể giảm bớt tình trạng ô nhiễm môi trường nguồn nước tại các kênh rạch , T.P Hồ Chí Minh đã đưa ra những giải pháp ưu tiên về chính sách và thể chế, về thanh tra giám sát ; các giải pháp khoa học kỹ thuật, hợp tác quốc tế...trong đó việc nâng cao ý thức cộng đồng bảo vệ nguồn nước đô thị được coi là giải pháp mang tính quyết định.
Trung tâm điều hành Chương trình chống ngập nước TP.HCM đề xuất việc hoàn thiện hệ thống thu gom và xử lý nước thải trước khi xả ra các kênh rạch; hỗ trợ lắp đặt thùng rác công cộng dọc kênh rạch, nạo vét cục bộ các vị trí kênh rạch bị bồi lắng để tăng cường khả năng thoát nước, giảm ô nhiễm. Tăng cường huy động vốn cho việc cải tạo, duy tu, nạo vét kênh rạch; đẩy mạnh công tác tuần tra, xử phạt nặng các trường hợp cố tình vi phạm lấn chiếm, xả rác, nước thải sản xuất chưa qua xử lý hoặc xử lý chưa đảm bảo xuống kênh rạch như buộc ngưng hoạt động, thu hồi giấy phép kinh doanh.
Chính quyền địa phương cũng phối hợp với người dân tham gia vào công tác cung cấp thông tin về hành vi xâm hại đến hệ thống thoát nước, gây ô nhiễm môi trường. Đẩy mạnh tuyên truyền, giáo dục và nhận thức cộng đồng về trách nhiệm bảo vệ môi trường, vận động sự tham gia tối đa của xã hội, xây dựng kế hoạch chương trình tham gia của cộng đồng trong các kế hoạch quản lý lâu dài đối với lĩnh vực tài nguyên nước qua các phong trào. Các hội thanh niên, hội phụ nữ xây dựng sổ tay vào bếp có nội dung song song với nấu nướng là những điều không nên làm như đổ dầu mỡ xuống hệ thống thoát nước, thay thế túi ni lông bằng túi vải không dệt, phân loại rác thải tại nguồn. Tuyên truyền thông qua phương tiện thông tin đại chúng như xây dựng các game show, truyền hình thực tế những chủ đề bảo vệ môi trường nước sông, kênh rạch; lồng ghép bảo vệ môi trường vào chương trình giảng dạy trong trường học.
T.P Hồ Chí Minh có hơn 3.200 tuyến sông, kênh rạch với tổng chiều dài gần 5.100km. Tuy nhiên, tình trạng lấn chiếm và vứt rác bừa bãi, xả nước thải sản xuất chưa qua xử lý xuống những con sông, kênh, rạch này đã làm cản trở dòng chảy, gây ô nhiễm sông, kênh rạch. Chính vì vậy, để cải thiện tình trạng gây ô nhiễm, sự chung tay và nâng cao ý thức cộng đồng là mấu chốt để môi trường thành phố ngày càng sạch đẹp.
Theo Trung tâm Chất lượng nước và môi trường – Phân viện Quy hoạch Khảo sát Thủy lợi Nam Bộ, nước tại hệ thống kênh rạch Tp.HCM như kênh Thầy Cai và kênh An Hạ (Huyện Củ Chi), kênh B và kênh C (huyện Bình Chánh), kênh Bà Búp và kênh Trần Quang Cơ (huyện Hóc Môn), kênh Tân Trụ, kênh Hy Vọng (quận Tân Bình) hiện bị ô nhiễm nặng, nước đen ngòm và có mùi hôi thối. Một số kênh khác bị xả rác nhiều trong lòng kênh và người dân thường xuyên đổ phân gia súc vào đây như kênh Tân Trụ và kênh Hy Vọng. Các thành phần như BOD 5 (nhu cầu oxy sinh học), COD (nhu cầu oxy hóa học), chỉ tiêu vi sinh (coliform), hàm lượng chất lơ lửng (SS), kim loại nặng … vượt tiêu chuẩn gấp nhiều lần cho phép.