Ninh Hải có bờ biển dài trên 50km, có rạn san hô được xem là phong phú nhất về phân bố, đa dạng hình thái và cấu trúc so với các vùng biển khác. Cấu trúc san hô chủ yếu thuộc dạng riềm điển hình và không điển hình, trong đó dạng riềm điển hình là chủ yếu.
Tổng diện tích ước tính trên 1.070 ha, với 333 loài, trong đó có 308 loài thuộc 15 họ, 59 giống san hô tạo rạn, 16 loài san hô mềm, 6 loài san hô sừng, 3 loài san hô thủy tức, 1 loài Zoanthid đã được xác định.
Thành phần sinh vật biển sống ở vùng biển này cũng khá đa dạng với trên 147 loài thuộc 81 giống và 32 họ cá, trong đó có cá Bàng chài, cá Thia, cá Bướm, cá Mó, cá Đuối gai là số lượng loài phong phú nhất. Thành phần thân mềm được ghi nhận trên rạn là 115 loài thuộc 3 lớp chân bụng (với 83 loài), hai mảnh vỏ (31 loài).
Các họ ốc Cối, ốc Mặt trăng, ốc nhảy, ốc sứ, ốc gai, ốc đụn là số lượng loài tương đối cao; 80 loài giáp xác thuộc 53 giống, 20 họ và 5 bộ được xác định. Thành phần da gai bao gồm 13 loài thuộc 22 họ giun nhiều tơ trên các bãi triều. Vùng biển phía Bắc thuộc hai xã Vĩnh Hải, Nhơn Hải có nhiều bãi rùa đẻ. Đồi mồi Dứa (rùa xanh) được xem là loài phổ biến và có số lượng nhiều nhất.
Có thể nói, hệ sinh thái rạn san hô mang lại rất nhiều giá trị cho cuộc sống cộng đồng dân cư nơi đây. Tuy nhiên, hệ sinh thái trên rạn san hô ven biển Ninh Hải hiện nay đang bị đe dọa do tác động của con người. Việc khai thác quá mức các nguồn lợi trực tiếp trên rạn san hô vẫn không ngừng diễn ra, các hình thức khai thác và loài thủy sản chủ yếu là: lặn bắt cá sống như cá Mú Epinephelus spp, cá Hồng Lutjanus spp bằng cyanua, bắn tên và vây lưới; khai thác ốc đụn, trai tai tượng, bào ngư làm thực phẩm và hàng mỹ nghệ; khai thác cá cảnh như những loài cá Bướm, cá Bàng Chài, cá Thiên thần để cung cấp cho các khu trưng bày sinh vật cảnh đang làm cạn kiệt nguồn lợi này. Ngoài ra, hiện tượng bẻ san hô làm cảnh cũng vẫn còn tiếp diễn, gây nguy hại đến rạn san hô và hệ sinh thái rạn san hô.
Trong những năm gần đây, các cấp chính quyền và các cơ quan chức năng, các nhà khoa học trong và ngoài nước đang có nhiều nghiên cứu, kế hoạch, dự án nhằm tìm kiếm các giải pháp phục hồi và bảo vệ rạn san hô vùng biển Ninh Hải. Nhiều hình thức, hoạt động phục hồi bảo vệ rạn san hô đang được triển khai thực hiện. Cụ thể có thể kể đến việc thành lập khu bảo tồn biển trực thuộc Vườn Quốc gia Núi Chúa, triển khai dự án “Mạng lưới rạn san hô toàn cầu”, dự án “Trình diễn quản lý bền vững tài nguyên rạn san hô ở vùng biển ven bờ huyện Ninh Hải, tỉnh Ninh Thuận”, đề tài khoa học “Thử nghiệm mô hình cộng đồng tham gia quản lý san hô trên địa bàn huyện Ninh Hải, tỉnh Ninh Thuận”. Các biện pháp chủ yếu được áp dụng: tăng cường ngăn chặn việc khai thác thủy sản trái phép, ngăn chặn việc neo đậu tàu, thuyền làm hư hại rạn san hô, phân vùng nuôi trồng, khai thác thủy sản hợp lý, phục hồi san hô bằng phương pháp nhân tạo, tạo thu nhập ổn định cho cộng đồng ngoài nghề đánh bắt, khai thác hải sản…có thể nói, bước đầu đã tạo được một số kết quả nhất định.
Các biện pháp phục hồi nguồn lợi thủy sản ở đây cũng đã đề cập đến cơ chế hỗ trợ tài chính cho cộng đồng dân cư trong việc duy trì bảo vệ và phục hồi nguồn lợi thủy sản rạn san hô; cụ thể như xây dựng mô hình nuôi dông trên cát nhằm tạo nguồn thu, duy trì hoạt động của Tổ tự quản tình nguyện bảo vệ nguồn lợi thủy sản, huy động các nguồn vốn tài trợ của các tổ chức để thực hiện các hoạt động quản lý, phục hồi nguồn lợi thủy sản…
Với sự tích cực của các cấp chính quyền địa phương, các nhà khoa học và cộng đồng dân cư, nguồn lợi thủy sản nói riêng và tài nguyên môi trường biển trên địa bàn huyện Ninh Hải đang được quan tâm bảo vệ và phục hồi.
Để đảm bảo nguồn tài nguyên môi trường biển nơi đây được phục hồi và duy trì bền vững khi các dự án nghiên cứu, trình diễn kết thúc; một số giải pháp được đề xuất, đó là:
- Tăng cường thực thi pháp luật trong quản lý tài nguyên môi trường nói chung và tài nguyên môi trường biển nói riêng;
- Tăng cường sự tham gia của người dân vào các kế hoạch quản lý, phục hồi nguồn tài nguyên, môi trường biển;
- Triển khai và nhân rộng các mô hình chuyển đổi ngành nghề cho các nhóm đối tượng là hộ nghèo đang sống quá lệ thuộc vào nguồn tài nguyên môi trường biển;
- Chuyển đổi tư duy khai thác nguồn lợi thủy sản rạn san hô từ khái niệm “đánh bắt” sang khái niệm “ngắm nhìn” thông qua các hoạt động du lịch, giải trí từ các dự án đầu tư du lịch, nghỉ dưỡng đang được thực hiện ngày càng nhiều trên địa bàn. Trong đó, Nhà nước là trung tâm điều phối mối liên kết kinh doanh giữa các doanh nghiệp và cộng đồng dân cư.
Hy vọng với các giải pháp thiết thực và tích cực, hệ sinh thái rạn san hô vùng ven biển huyện Ninh Hải sẽ ngày càng được phục hồi và sử dụng bền vững, lâu dài.