Quần thể di tích lịch sử - văn hóa chùa Thầy thuộc địa phận xã Sài Sơn, huyện Quốc Oai, Hà Nội, bao gồm núi đá và chùa đã được bộ Văn hóa Thông tin (nay là Bộ Văn hóa, Thể thao và Du lịch) cấp bằng công nhận di tích lịch sử - văn hóa quốc gia từ nhiều năm nay.
Vẻ đẹp sơn thủy hữu tình của quần thể di tích lịch sử - văn hóa chùa Thầy từ lâu đã đi vào thơ ca: "Bút cuốn khói mây mười sáu cuộn/Mắt thu non biếc vạn trùng khơi". Đây là một thắng cảnh quý hiếm trên địa bàn Hà Nội. Tuy nhiên, vẻ đẹp thơ mộng của chùa Thầy và núi Thầy hiện đang từng ngày bị làm biến dạng bởi những bàn tay thiếu ý thức của người dân ở địa phương.
Đầu tiên, vào giữa năm 2008, một số người dân địa phương lên núi chặt phá những cây gỗ sưa đã có niên đại hàng trăm năm tuổi để đem bán lấy tiền.
Gần đây một số người dân lại tự ý phá đá, đào núi để xây dựng nhà ở, đá đào được đem bán cho các lò nung vôi ở gần đó. Điều đáng nói là hành vi xâm phạm vào quần thể di tích lịch sử - văn hóa chùa Thầy đã diễn ra suốt nhiều tháng qua mà không hề bị cơ quan chức năng nào xử lý.
Đề nghị chính quyền sở tại và cơ quan chức năng sớm vào cuộc và có biện pháp xử lý để quần thể di tích lịch sử - văn hóa chùa Thầy không còn bị xâm phạm như đã diễn ra.