Do đó, Tổng cục Môi trường đã tổ chức Đoàn công tác do Lãnh đạo Cục Kiểm soát ô nhiễm làm trưởng đoàn và đại diện một số đơn vị trong Tổng cục đến khảo sát thực tế tại huyện Chợ Đồn và huyện Ba Bể, tỉnh Bắc Kạn.
Ba Bể là hồ tự nhiên, xung quanh được bao bọc bởi núi đá vôi thuộc Vườn quốc gia Ba Bể. Nguồn nước cung cấp chủ yếu từ 3 con suối chính là Chợ Lèng, Tà Hang và Nam Cường đổ vào hồ, sau khi được điều tiết một phần nước hợp lưu với sông Năng ở phía Bắc hồ, tiếp tục chảy về sông Gâm. Trong đó, nguồn nước từ suối Nam Cường bị chặn bởi Hang Pác Chản rồi sau đó mới chảy qua hồ Ba Bể. Việc bồi lắng hồ Ba Bể đã có từ nhiều năm nay. Kết quả nghiên cứu của Viện Khoa học Thủy lợi trước đây đã kết luận quá trình bồi lắng hồ Ba Bể là quy luật tự nhiên bởi đất do sạt lở, rửa trôi theo các suối đưa về hồ.
Kể từ khi có Quyết định của Thủ tướng Chính phủ thành lập Vườn Quốc gia năm 1992, việc quản lý bảo vệ tài nguyên Vườn Quốc gia Ba Bể đã tốt hơn nhiều, tài nguyên rừng xung quanh hồ được bảo vệ, rừng và đất rừng ở khu vực vùng đệm được giao cho dân quản lý, trồng rừng nên tình trạng phát nương làm rẫy không còn. Do đó, lớp đất mặt ít bị rửa trôi hơn, hồ ít bị bồi lắng hơn. Theo ông Nông Đình Khuê, Phó Giám đốc Vườn Quốc gia Ba Bể, thực trạng bồi lắng hồ Ba Bể là hiện tượng diễn biến tự nhiên theo thời gian, gắn liền với địa hình, thời tiết từ hàng chục năm trước, người dân lúc đó thường phá rừng làm nương rẫy, nên mỗi khi có mưa đã làm tăng mức độ bồi lắng hồ. Tuy nhiên, trong 10 năm gần đây, hiện tượng bồi lắng cũng như các vấn đề rửa trôi từ các nguồn chảy vào hồ ít hơn trước nhiều do địa phương đã tăng mạnh độ che phủ rừng hàng năm. Hiện, tỷ lệ che phủ rừng ở Bắc Kạn là 58% và dự kiến sẽ tăng lên 62% trong vòng 5 năm tới. Ngoài ra, để hạn chế việc rửa trôi từ các sông suối lân cận, ảnh hưởng đến tình hình bồi lắng của hồ Ba Bể, đồng thời tạo vùng đệm tốt cho khu vực Vườn Quốc gia, Ban Quản lý Vườn cũng đã lập dự án trồng rừng theo đề án 47, trong đó thực hiện các biện pháp trồng rừng , trong đó năm 2010 trồng 300 ha rừng, năm 2011 là 200 ha và dự kiến hàng năm tiếp tục trồng từ 200 - 300 ha. Và ông khẳng định, đến nay, chưa có các đơn thư khiếu nại nào được gửi đến Vườn Quốc gia.
Xung quanh khu vực hồ Ba Bể có 3 mỏ khoáng sản, trong đó 2 mỏ đang hoạt động là mỏ sắt Pù Ổ tại xã Quảng Bạch, huyện Chợ Đồn, được cấp phép năm 2008 và bắt đầu hoạt động từ tháng 10/2009, với tổng diện tích là 26,5 ha, diện tích khai trường là 3,5 ha; Mỏ sắt Bản Cuôn I tại xã Ngọc Phái, được cấp phép khai thác từ tháng 7/2008, diện tích 29 ha, trong đó, diện tích đang sử dụng để khai thác là 20 ha; và mỏ đá Nà Hai, xã Quảng Khê, được cấp phép ngày 22/10/2007, đang tạm dừng hoạt động từ giữa năm 2010.
Vị trí hai mỏ Pù Ổ và Bản Cuôn I đang khai thác không nằm trong vùng đệm của vườn quốc gia Ba Bể. Mỏ Pù Ổ cách hồ Ba Bể khoảng 22 km, mỏ Bản Cuôn I cách hồ Ba bể khoảng 30km. Trong sản xuất, các chủ mỏ đều sử dụng nước tuần hoàn sau khi qua hệ thống lắng. Nước từ khu vực khai thác mỏ Pù Ổ chảy xuống nhánh Khuổi Giang rồi vào suối Nam Cường, trước khi đổ vào suối Pó Lù và hồ Ba Bể phải qua hang núi thuộc dãy Pác Chản nên bồi lắng hồ Ba Bể từ khu vực khai thác mỏ Pù Ổ là không đáng kể. Các chủ mỏ đều đã xây dựng báo cáo đánh giá tác động môi trường, được UBND tỉnh Bắc Kạn phê duyệt và thực hiện đầy đủ các quy định pháp luật về BVMT.
Tại mỏ Bản Cuôn I, nước sử dụng để sản xuất chủ yếu ở khâu tuyển quặng bao gồm: 50% nước tuần hoàn từ hồ lắng của khu mỏ (khoảng 1.600 m3); 50% nước được bơm bổ sung từ suối Bản Cuôn, nước thải được lắng tại các hồ, rồi tái sử dụng tối đa. Do vậy việc xả nước thải của công ty theo như lãnh đạo công ty khẳng định là không xả thẳng ra môi trường và ít có khả năng gây bồi lắng dòng chảy khu vực lân cận, lượng đất đá sau khai thác được hoàn nguyên ngay tại mỏ.
Tại mỏ Pù Ồ, Công ty Cổ phần Khoáng sản Na Rì HaMiCo đã xây dựng 4 hồ lắng tại mỏ để chứa nước thải từ quá trình sản xuất và bơm tuần hoàn lại để tái sử dụng (2 hồ xử lý nước thải sau tuyển và 2 hồ xử lý nước mưa chảy tràn). Ngày 23/5/2011, tại buổi làm việc giữa Đoàn công tác của Cục Kiểm soát ô nhiễm với Công ty CP Khoáng sản Na Rì HaMiCo, ông Nguyễn Văn Dĩnh, Chủ tịch Hội đồng quản trị của Công ty cho biết, nước sử dụng cho hoạt động sản xuất, tuyển quặng của công ty ước tính khoảng 211.000 m3/năm, trong đó, nước thải từ quy trình sản xuất được sử dụng tuần hoàn, không xả thẳng ra môi trường. Hiện Công ty đang sử dụng 2 hồ lắng, vì đang là mùa cạn nên nguồn nước thải từ 2 hồ xử lý nước mưa của công ty chảy vào hệ thống thoát nước của mỏ rất ít. Tháng 4/2011, 16 hộ dân xã Quảng Bạch đã gửi khiếu nại trực tiếp đến Công ty yêu cầu kiểm tra, xem xét tình hình ảnh hưởng đến sản xuất nông nghiệp (trồng lúa) do các hoạt động xây dựng hạ tầng ban đầu, Công ty đã kiểm tra, làm việc và thỏa thuận bồi thường thỏa đáng với các hộ và thông báo với chính quyền xã. Đến nay nhân dân không có khiếu kiện gì về các ảnh hưởng môi trường do hoạt động của Công ty.
Thực tế, vấn đề bồi lắng hồ Ba Bể từ lâu đã được lãnh đạo UBND tỉnh Bắc Kạn rất quan tâm và chỉ đạo Sở Tài nguyên và Môi trường tỉnh Bắc Kạn thường xuyên kiểm tra, đôn đốc các doanh nghiệp, trong đó có các doanh nghiệp khai thác khoáng sản thực hiện nghiêm túc các biện pháp BVMT, phòng ngừa sự cố. Định kỳ 2 lần/năm, Sở tổ chức các đoàn thanh tra tình hình BVMT hoạt động khai thác khoáng sản, trong đó xác định các vấn đề môi trường nảy sinh trong quá trình xây dựng và khai thác mỏ chủ yếu là nước mưa chảy tràn từ mỏ (đặc biệt vào mùa lũ) có thể ảnh hưởng đến sản xuất nông nghiệp khu vực lân cận. Sở cũng yêu cầu các doanh nghiệp thực hiện triệt để các giải pháp kiểm soát ô nhiễm, BVMT, giảm thiểu các tác động tiêu cực tới môi trường và sản xuất nông nghiệp. Hàng năm, Sở đều tiến hành lấy mẫu, quan trắc môi trường khu vực xung quanh các mỏ khoáng sản. Kết quả quan trắc cho thấy hầu hết các thông số đều nằm trong giới hạn cho phép.
Theo ông Hoàng Bế Binh, Chi Cục trưởng Chi cục BVMT Bắc Kạn, thông tin đã đăng tải trên một số cơ quan báo chí thì hoạt động khai thác mỏ Pù Ổ và mỏ Bản Cuôn I có ảnh hưởng đến tình hình bồi lắng hồ Ba Bể là không đúng. Bởi vì cả 2 mỏ này đều mới khai thác từ 1 – 2 năm nay, đồng thời, các công ty cũng thực hiện nghiêm túc các thủ tục và giải pháp BVMT theo quy định, trong khi hiện tượng bồi lắng đã diễn ra từ hàng chục năm qua. Ông Hoàng Ngọc Đường, Chủ tịch UBND tỉnh Bắc Kạn cho biết, mức độ bồi đắp phù sa cần được làm rõ từ góc độ các nhà khoa học.
Mặc dù không có khiếu nại diễn ra từ phía cộng đồng dân cư, tuy nhiên những thông tin từ báo chí xét ở góc độ tích cực cũng là sự cảnh báo đối với cơ quan quản lý, các công ty khai thác khoáng sản để kịp thời có những giải pháp tích cực, hiệu quả nhằm phòng ngừa, xử lý và ứng phó sự cố môi trường. Đồng thời, tỉnh Bắc Kạn cần tiếp tục đẩy mạnh chương trình trồng rừng; tăng cường quản lý vùng đệm Vườn quốc gia Ba Bể theo nguyên tắc phát triển bền vững, chủ động và phối hợp với các Bộ, ngành liên quan, các trường, viện để nghiên cứu, đánh giá một cách hệ thống, toàn diện quá trình bồi lắng và đề xuất các giải pháp khả thi khắc phục vấn đề bồi lắng hồ Ba Bể.
Hồ Ba Bể là hồ nước ngọt tự nhiên lớn nhất của Việt Nam. Năm 1995, Hội nghị hồ nước ngọt trên thế giới tổ chức tại Mỹ đã công nhận đây là một trong 20 hồ nước ngọt đặc biệt của thế giới cần được bảo vệ. Năm 2004, Vườn quốc gia Ba Bể được công nhận là Vườn di sản ASEAN. Từ 15/11/1997, Việt Nam đã làm hồ sơ đề nghị UNESCO công nhận hồ Ba Bể là Di sản thiên nhiên thế giới. Ngày 5/6/2011, Vườn Quốc gia Ba Bể được trao Quyết định là khu Ramsar thứ 3 của Việt Nam.