Vào đầu thập kỷ 90 của thế kỷ XX, TS Nguyễn Tiếp Hiệp là người đầu tiên phát hiện được loài Dẻ tùng sọc nâu ở xã Lũng Cú (Đồng Văn - Hà Giang). Đây là loài mới cho khoa học và là một loài đặc hữu hẹp của Việt Nam được đặt tên là Amentotaxus hatuyenensis N.T Hiep. Năm 1999, TS Lê Trần Chấn đã phát hiện được loài này ở xã Thài Phin Tửng (Đồng Văn) và cũng tại đây đã phát hiện được thêm 4 loài hạt trần nữa là: Thông đỏ bắc (Taxus chinensis), Du sam núi đá (Keteleeria davidiana), Thông tre lá ngắn (Podocarpus - pilgera) và Hoàng đàn rủ (Cupressus hinebris).
Nhờ sự phát hiện được 5 loài hạt trần quý hiếm nên từ năm 2003 - 2009, Quỹ Môi trường toàn cầu, Chương trình tài trợ các dự án nhỏ (GEF SGP) đã phê duyệt cho Trung tâm Đa dạng và An toàn sinh học thuộc Liên hiệp các Hội Khoa học và Kỹ thuật Việt Nam 2 dự án (VN/02/04 và VN/06/Oll). Trong quá trình thực hiện dự án, tập thể các nhà khoa học đã phát hiện được nhiều cá thể của 5 loài trên, trong đó có một cá thể Thông đỏ bắc có đường kính thân khoảng 80 cm, được xem là cây Thông đỏ bắc lớn nhất ở các tỉnh phía Bắc cho đến thời điểm hiện nay. Ngoài ra, còn phát hiện được thêm 12 loài quý hiếm nữa là: Thiết sam giả (Pseudotsuga sinensis), Thiết sam núi đá (Tsuga chinensis), Đỉnh tùng (Cephalotaxus mannii), Thông Pà Cò (Pinus kvvangtungensis), Thông 2 lá quả nhỏ (Pinus tabuliíormis), Pơ mu (Fokienia hodginsii), Mã hồ (Mahonia nepalensis), Bạch huệ núi (Lilium browni var. Colchesteri), Bảy lá một hoa (Paris polyphlylla), Vân sam (Abies sp).
Theo Nguyễn Đức Tố Lưu và Philip lan Thomas, Việt Nam có 30 loài lá kim sống tự nhiên. Tuy nhiên, chỉ tại 1 xã của huyện Đồng Văn đã phát hiện được 12 loài lá kim, chiếm 40% số loài lá kim của cả nước. Đặc biệt, tại Khu Bảo tồn thiên nhiên Bát Đại Sơn (Quản Bạ) đã phát hiện 1 chi mới cho khoa học là chi Bách vàng (Xanthocyparis). Đây là chi đặc hữu hẹp, mới chỉ gặp ở Bát Đại Sơn.
Hệ thực vật trên núi đá vôi ở Hà Giang không chỉ có giá trị khoa học mà nhiều loài có giá trị kinh tế cao. Đó là các loài gỗ quý như: Nghiến, Lát hoa, Pơ mu, Trai lý. Nhiều loài là cây thuốc quý như: Hà Thủ ô đỏ, Mã hồ, Bảy lá một hoa... Đáng chú ý, Thông đỏ bắc hiện đang là đối tượng nghiên cứu nhằm tiến tới sản xuất thuốc chữa ung thư. Một số loài có hoa đẹp như Bạch huệ núi, Lan hài...
Núi đá vôi ở Hà Giang có tính đa dạng thực vật cao và độc đáo nhưng cũng là hệ sinh thái rất mỏng manh, một khi bị tác động thì rất khó phục hồi. Vì vậy, để bảo tồn các loài quý hiếm, đồng thời góp phần phát triển bền vững vùng núi đá voi 2 dự án VN/02/04 và VN/06/011 đã thực hiện nhiều giải pháp. Trước hết là việc gắn biển các loài cây quý hiếm. Trên mỗi biển, ngoài tên khoa học của loài cần bảo vệ còn có tên Việt Nam và tên địa phương (tiếng Mông) để người dân biết và không chặt phá. Việc làm này đã mang lại kết quả ngoài mong đợi. Rất nhiều người dân khi được hỏi "có chặt những cây đã gắn biển và những cây giống cây gắn biển?". Câu trả lời là "không" vì họ biết đấy là những cây quý hiếm cần bảo vệ. Công việc tiếp theo là xây dựng một vườn ươm tạo cây giống. Bằng phương pháp dâm cành, sau 3 năm thực hiện, Dự án đã tạo được khoảng 30.000 cây giống của 12 loài quý hiếm, trong đó 20.000 cây phát cho người dân trồng trên toàn bộ diện tích núi đá vôi của xã, 10.000 cây được trồng trong vườn sưu tập rộng 2 ha. Kết quả kiểm tra cho thấy, tỷ lệ cây sống đạt 60%, tốc độ tăng trưởng chiều cao đạt 30 -50cm/năm.
Ngoài việc trồng các loài cây quý hiếm, dự án còn trồng một số loài cây thích ứng được với môi trường núi đá vôi khắc nghiệt như Mắc rạc (Delavaya toxocarrpa), Tông dù (Toona sinensis), Xoan (Melia azedarach). Các loài này không chỉ góp phần mang lại màu xanh trên vùng núi đá trọc, mà còn cung cấp củi đun, một nhu cầu thiết yếu của người dân nhờ khả năng phát triển nhanh. Cũng nhờ có thêm nguồn chất đốt bằng các loài cây trồng này đã hạn chế được việc tác động lớp phủ thực vật tự nhiên do nhu cầu cuộc sống hàng ngày.
Cư trú trên vùng núi đá vôi của Hà Giang chủ yếu là đồng bào Mông. Cho đến nay, đời sống vẫn còn nhiều khó khăn do thiếu đất, thiếu nước, thiếu vốn, thiếu thông tin... Vì vậy, nâng cao đời sống cho người dân là yêu cầu bức thiết. Y thức được điều này, Quỹ Môi trường toàn cầu đã tiếp tục tài trợ cho xã Thài Phin Tửng dự án bảo tồn giống bò vàng vùng cao. Chăn nuôi bò là tập quán của đồng bào các dân tộc 4 huyện vùng cao núi đá Hà Giang. Trên địa bàn núi đá, đất sản xuất nông nghiệp rất hạn chế, nhưng đàn bò vẫn được duy trì và phát triển tốt nhờ sự lao động cần cù, sáng tạo, được đúc kết qua hình tượng đầy sức thuyết phục "Người Mông nuôi bò trên lưng". Đây là hướng sản xuất mang lại hiệu quả kinh tế cao.
Cuối cùng, một vấn đề không thể xem nhẹ, đó là nâng cao nhận thức người dân trong công tác bảo vệ rừng và bảo vệ đa dạng sinh học.
Tóm lại, để bảo tồn, phát triển bền vững vùng núi đá vôi ở Hà Giang cần thực hiện đồng bộ các giải pháp: Bảo tồn tại chỗ các loài quý hiếm bằng cách tích cực bảo vệ và nhân giống; bổ sung nguồn chất đốt từ việc trồng thêm một số loài cây có khả năng phát triển nhanh trên núi đá; phát triển chăn nuôi bò vàng để cải thiện đòi sống và tuyên truyền nâng cao nhận thức cho người dân về bảo vệ rừng, bảo vệ đa dạng sinh học.