Tại khu vực nội đô Hà Nội có hơn 100 ao, hồ với tổng diện tích mặt nước 1.165ha, trong đó có 14% ao, hồ bị ô nhiễm rất nặng, 25% ao, hồ ô nhiễm nặng, 32% có dấu hiệu bị ô nhiễm; 58% ao, hồ chưa được kè, hơn 80% hành lang bờ bị ô nhiễm. Nhiều ao, hồ đang đứng trước nguy cơ bị biến thành nơi tập kết rác thải.
HĐND TP. Hà Nội đã thông qua đề án: Nhiệm vụ và các giải pháp xử lý ô nhiễm môi trường bức xúc trên địa bàn TP. Hà Nội, trong đó giải quyết vấn đề ô nhiễm hồ là một trong các nhiệm vụ trọng tâm. Để triển khai nghị quyết của HĐND, Sở TN&MT đã phối hợp với tổ công tác liên ngành và các nhà khoa học lựa chọn công nghệ phù hợp thử nghiệm xử lý ô nhiễm nước tại một số hồ có mức độ ô nhiễm cao.
Trong hai năm (2009-2010), quy trình xử lý bằng công nghệ vi sinh kết hợp với trồng cây thủy sinh tạo cảnh quan trên mặt hồ đã được triển khai tại 7 hồ (hồ Quỳnh, Ngọc Khánh, Xã Đàn, Hai Bà Trưng, Ngọc Hà, Kim Liên và hồ Dài). Quá trình làm sạch các hồ đã có kết quả khả quan, chất lượng nước hồ sau xử lý trong hơn và giảm mùi hôi rõ rệt, thủy sinh vật phát triển tốt, cảnh quan đẹp hơn so với trước khi xử lý và được cộng đồng dân cư sinh sống xung quanh các hồ đồng tình ủng hộ. Tiếp nối thành công, từ năm 2010 đến nay, UBND TP Hà Nội tiếp tục cho triển khai nhân rộng việc xử lý ô nhiễm nước hồ tại 5 hồ (Thanh Nhàn, Thanh Nhàn 2B, Văn Quán, hồ Võ và hồ Đền Lừ). Đến nay, trong tổng số 12 hồ đã và đang xử lý, có 8 hồ (Ngọc Khánh, Xã Đàn, Hai Bà Trưng, Quỳnh, Đền Lừ, Thanh Nhàn 1, Văn Quán, Võ Quán) đã bàn giao cho các đơn vị tiếp nhận quản lý, duy trì chất lượng nước.