Ngoài những kỷ lục về sự kỳ vĩ của hang động, Phong Nha – Kẻ Bàng (PN-KB-Quảng Bình) còn là khu vực đặc trưng cho tính đa dạng sinh học, nơi sinh sống tự nhiên quan trọng và có ý nghĩa đối với việc bảo tồn đa dạng sinh học, nơi chứa đựng nhiều loài động thực vật quý hiếm đang bị đe dọa.
Trong đó, có nhiều loài đặc biệt quý hiếm có tên trong sách đỏ Việt Nam và thế giới như bò tót, báo vằn, voọc đen, voọc Hà Tĩnh và các loài gỗ quý có tuổi thọ hàng trăm năm, quần thể rừng Bách Xanh núi đá điển hình.
Gần đây, các thông tin gây sửng sốt cho giới khoa học là tại Vườn quốc gia (VQG) PN-KB vừa thu được bốn mẫu thuộc loài chuột đá Lào (Laonastesaenigmamus) tại khu vực hang Én. Đây là ghi nhận đầu tiên về loài chuột đá Lào ở Việt Nam - một loài thú từng được xem là “hóa thạch sống” cách nay 13 triệu năm.
Các nhà khoa học còn ghi nhận thêm tám loài mới cho PN - KB như: thằn lằn đuôi đỏ, cóc tai to, chàng sa pa...; phát hiện một cá thể dơi mới, loài ếch giun Ichthyophis sp, một số loài côn trùng.... Có 3 loài động, thực vật mới đã được phát phát hiện là bọ cạp Thiên Đường, thu hải đường và chim chích sống trên núi đá vôi.
Về loài bọ cạp mới trong động Thiên Đường, thông tin này cũng đã được công bố trên tạp chí quốc tế C.R.Biologies, số 335 năm 2012. Loài bò cạp mới này được “khai sinh” với tên gọi tiếng Việt là Bọ cạp Thiên Đường, tên khoa học là Vietbocap thienduongensis Lourenco & Pham, 2012. Theo TS. Phạm Đình Sắc (Viện Sinh thái - Tài nguyên sinh vật), trước đó vào tháng 12/2010, ông và một số nhà khoa học cũng đã phát hiện một loài bọ cạp khác ở động Tiên Sơn (VQG PN-KB) và được đặt tên Vietbocap canhi Lourenco & Pham, 2010. Hai loài bọ cạp trên được xếp vào loại quý hiếm trên thế giới. Đó là những loài chuyên biệt, thích nghi với điều kiện sống tự nhiên của hang động. Tính đến nay, trên thế giới mới phát hiện được bốn loài thuộc ba giống là Troglokhammouanus (Lào), Pseudochatas (Uzbekistan và Tajikistan) và hai loài trên ở Việt Nam; phát hiện thêm 10 loài cá mới; 4 loài bò sát (tắc kè Phong Nha, rắn mai gầm Thành, rắn lục Trường Sơn, thằn lằn tai) và tái phát hiện sau 50 năm loài rắn lục sừng.
Về thực vật phát hiện thêm một chi và chín loài mới cho khoa học và hệ thực vật Việt Nam. Trong đó, có những loài có nguy cơ tuyệt chủng cao như: bách xanh đá, lan hài đốm, lan hài xanh, lan hài xoắn.
Giới khoa học nhận định, khu vực vườn sinh thái, các dãy núi đá vôi và các hang động được liệt vào hàng “kỳ quan” thuộc PN– KB vẫn ẩn chứa rất nhiều loài động, thực vật và các hiện tượng tự nhiên chờ đợi sự khám phá, phát hiện của giới nghiên cứu…
Người ta đang kỳ vọng với những phát hiện mới, PN– KB sẽ trở thành ngôi nhà chung lưu giữ những gì mà nhân loại ngỡ là đã biến mất. Trung tâm Nghiên cứu khoa học và Cứu hộ động vật hoang dã (TTNC) của VQG PN-KB cho chúng tôi hay: Trong một thời gian rất ngắn, ở đây liên tiếp phát hiện ra những bí mật của thế giới động, thực vật, gây sốc cho giới nghiên cứu. Tiến sĩ Andrei Kouznelsov, chuyên gia nghiên cứu về động thực vật của Nga, trước những phát hiện liên tục mới trên đã “cảm khái” rằng: Trong mấy chục năm làm việc của mình ở châu Á, chưa thấy nơi nào như nơi này. Cứ mỗi bước chân vào rừng lại thêm một khám phá kinh ngạc, ngỡ ngàng. Tất cả đều là những khám phá vào hàng bậc nhất trong cuộc đời nghiên cứu khoa học của tôi... Còn nhớ vào năm 2004, Việt Nam công bố phát hiện 144 loài lưỡng cư thì ở PN-KB chiếm... 144 loài.
Với những giá trị mang tính toàn cầu như vậy, tháng 3/2011, UBND tỉnh Quảng Bình đã công bố quy hoạch phát triển bền vững khu vực VQG PN-KB giai đoạn 2010 đến 2020 tầm nhìn đến 2025. Mục tiêu tổng quát của quy hoạch là bảo tồn những giá trị Di sản thiên nhiên thế giới nơi đây thông qua việc khai thác có hiệu quả tài nguyên để cải thiện bền vững sinh kế của cộng đồng địa phương vùng đệm, cùng với sự hỗ trợ phát triển du lịch bền vững. Quy hoạch phát triển du lịch bền vững VQG PN-KB được thông qua sẽ tạo tiền đề cho việc phát triển kinh tế du lịch của các địa phương nằm trong vùng di sản nói riêng và của tỉnh Quảng Bình nói chung.