Bên cạnh đó, nguồn tài nguyên thực vật vùng bãi bồi ven biển Kim Sơn cũng khá phong phú như cây nguyên liệu cho dệt chiếu và thảm; Cây chắn sóng gió bảo vệ đê…
Về nguồn lợi thuỷ sản, có sự khác nhau về thành phần, chất lượng tôm, cá giống theo mùa và theo địa điểm khu vực, thực vật nổi ưa ngọt nhiều ở cửa Đáy và thực vật nổi ưa mặn ở nhiều cửa Càn.
Vùng bãi bồi ven biển Kim Sơn hiện nay được nghiên cứu sử dụng và mục đích kinh tế như nuôi trồng thuỷ hải sản. Những nơi thuận tiện có nước ngọt thì cải tạo để cấy lúa. Nơi có nước lợ được sử dụng để trồng cói.
Chủ yếu diện tích quai đê lấn biển mới chỉ nhằm vào mục đích trồng cói và cấy lúa. Chính vì lẽ đó, khi môi trường ven biển khắc nghiệt như thiếu nước ngọt không cấy lúa được, nhiều nơi cây cói mọc được nhưng vì đất bị phèn, chua và mặn - năng suất thấp, dẫn đến tình trạng càng sản xuất càng lỗ vốn, do đó nhiều diện tích đất được quai đê lấn biển, song lại bỏ hoang.
Vì thế đã xảy ra mâu thuẫn với quy tắc bảo vệ hệ sinh thái cửa sông ven bờ là nơi ở của chim, thú, hải sản làm mất đi sự phong phú về giống loài của tự nhiên.
Theo các tài liệu khoa học, cứ một ha đầm tôm, phải để bốn ha rừng ngập mặn, hoặc diện tích đầm nuôi nhiều nhất cũng chỉ nên sử dụng khoảng 25% rừng ngập mặn mới đảm bảo cân bằng được hệ sinh thái.
Để có sản lượng cao cho một đầm tôm cần phải có biện pháp đồng bộ, chỉ cần thiếu một yếu tố nào đó có thể thất bại hoặc kém hiệu quả.
Nhiều cuộc khảo sát cho thấy, điều kiện khí tượng thuỷ văn, nhiệt độ, hoạt động của thuỷ triều, hoạt động của mùa khô, mùa mưa của dòng sông Đáy và sông Càn và chất lượng nước như nồng độ muối, độ chua, cũng như hiện trạng của các đầm tôm hiện có ở bãi bồi ven biển Kim Sơn thay đổi hàng năm.
Hiện nay, dưới tác động của nền kinh tế thị trường, các loại thuỷ sản thường đem lại hiệu quả kinh tế cao. Dân ven biển đã chuyển vùng đất bãi triều giàu tiềm năng này thành nơi nuôi trồng thuỷ sản, thực chất không nhằm vào khai thác đất mà nhằm vào khai thác nước lợ, biến vùng nước lợ ven biển thành những khu đầm nuôi trồng hải sản (khởi phát từ năm 1986).
Công việc này mang tính tự phát, chỉ đem lại hiệu quả kinh tế cho một số gia đình và tạo ra được quá ít công ăn việc làm. Các bờ đầm được xây dựng vội vàng và do các chủ đầm tiến hành một cách độc lập, mang tính chắp vá, không theo quy trình về nuôi trồng thuỷ sản, nhiều bờ đầm trong vùng nối lại với nhau thành một bờ chắn phía ngoài một cách không chắc chắn, vì vậy việc rủi ro trước sóng bão là rất lớn.
Vùng đất bãi triều là một địa sinh thái non trẻ đang trong quá trình hình thành nên rất nhạy cảm. Việc quai đầm tự phát, chắp vá như trên đã biến một vùng đất rộng lớn luôn được lưu thông nước và được bồi tụ phù sa thành hệ thống ao khép kín.
Điều này làm cho hệ sinh thái trong các đầm phát triển không bình thường: sú, vẹt rụng lá và chết, rong và xác động vật chết ứ đọng trong đầm lâu ngày tạo ra sự ô nhiễm ngày càng nặng dẫn đến đầm bị thoái hoá, không thể tiếp tục nuôi được nữa.
Rừng ngập mặn bị phá hoạt, môi trường ven biển bị ô nhiễm ngày càng nghiêm trọng, làm ảnh hưởng đến khí hậu vùng ven biển.
Dải ven biển huyện Kim Sơn có ba xã mới được thành lập ở sát biển trên các vùng đất mới khai hoang lấn biển, cuộc sống của cư dân gặp nhiều khó khăn, đời sống nghèo nàn, hoạt động sản xuất kinh doanh chưa ổn định.
Vì vậy, việc thúc đẩy phát triển kinh tế - xã hội ở các xã này, tạo nên mô hình tốt để mở rộng ra nhiều xã trong huyện, đồng thời góp phần tích cực vào việc thực hiện mục tiêu phát triển của toàn huyện cả trên phương diện kinh tế, đời sống cũng như an ninh quốc phòng.
Nuôi trồng, thuỷ hải sản là thế mạnh của vùng bãi bồi ven biển Kim Sơn nhưng nay gặp rất nhiều khó khăn. Trước hết là về công tác quy hoạch và việc thực hiện các dự án trong vùng nuôi tôm chưa hoàn thiện. Cơ sở hạ tầng, vốn đầu tư phục vụ cho nuôi trồng thuỷ sản còn hạn chế.
Lượng giống sản xuất tại chỗ, chỉ đáp ứng được một phần rất nhỏ so với yêu cầu sản xuất tại địa phương. Kỹ thuật nuôi trồng thuỷ sản của nhân dân địa phương còn rất hạn chế, chưa chấp hành nghiêm chỉnh lịch thời vụ, cho ăn không đúng kỹ thuật đã dẫn đến ô nhiễm môi trường và phát sinh dịch bệnh tôm chết hàng loạt.
Hiện nay ở vùng bãi bồi ven biển Kim Sơn còn gặp khó khăn, tỷ lệ gia tăng dân số cao (2,2%), tỷ lệ đói nghèo cao hơn các vùng khác, trình độ dân trí thấp, hạn chế đến khả năng tiếp thu và vận dụng các tiến bộ khoa học và công nghệ trong phát triển kinh tế, đặc biệt là trong nuôi thuỷ sản, cán bộ thì thiếu, hạ tầng cơ sở chưa đáp ứng mục tiêu khai thác tổng hợp bãi bồi.
Sản xuất lúa chủ yếu mang tính tự cung, tự cấp không mang tính chất sản xuất hàng hoá. Thị trờng tiêu thụ hàng cói mặc dù được mở ra theo hướng xuất khẩu nhưng chưa phải là ổn định.
Phương thức nuôi chủ yếu là quảng canh tự nhiên. Hệ thống và quy trình quản lý nuôi trồng thuỷ sản còn nhiều bất cập. Chính quyền quản lý chưa có chính sách đồng bộ thoả đáng để khuyến khích người sản xuất, bảo hộ người đầu tư cũng như bảo vệ môi trường.
Xuất hiện mâu thuẫn lợi ích giữa các ngành nghề, giữa các phương thức sở hữu khác nhau, giữa các cấp quản lý khác nhau dẫn đến các khó khăn, thậm chí xung đột kìm hãm sự phát triển kinh tế - xã hội chung cũng như từng ngành nghề trong vùng.
Vai trò chỉ đạo, hướng dẫn dân trong tổ chức, quy hoạch, hướng dẫn kỹ thuật của các cấp chính quyền địa phương còn yếu. Phân tầng xã hội giàu nghèo trong cộng đồng dân cư bãi bồi ngày càng định hình rõ với độ chênh lệch tương đối lớn về mức sống.
Hiện nay khai thác bãi bồi ven biển Kim Sơn cha thể coi là khai thác tổng hợp, bởi lẽ một số bất cập đáng lo ngại đã nảy sinh. Chất lượng môi trường đất và nước bị suy giảm do dịch chuyển đất trồng lúa, cói sang nuôi trồng quảng canh thuỷ sản một cách ồ ạt.
Rừng ngập mặn bị tàn phá, nhiều loài thuỷ sinh, động vật ven biển, cửa sông giảm đi đáng kể. Năng suất lúa, cói chưa ổn định, nuôi trồng thuỷ sản bấp bênh.
Nhìn chung, hiện trạng khai thác sử dụng đất bãi bồi Kim Sơn còn manh mún, mang tính tiểu nông. Hiệu quả khai thác sử dụng bãi bồi chưa tương xứng với tiềm năng nguồn lực sẵn có, đồng thời đang gây ra những tác động tiêu cực đến môi trường sinh thái và biến đổi khí hậu.