Kênh Mỹ Đình dài khoảng 3km, tổng lượng nước lưu thông ở đây khoảng 6.000 m3/ngày. Đây là đoạn kênh bị ô nhiễm nặng, nước đen kịt và có mùi hôi, nhất là vào thời điểm có nắng, mùi hôi bốc lên nồng nặc.
Việc xử lý ô nhiễm kênh Mỹ Đình cũng được thực hiện giống như việc xử lý nước ô nhiễm ở Hồ Văn. Đó là sử dụng tổ hợp các giải pháp gồm chất tạo lắng (5-6 tấn), vi sinh, LTH 100, thực vật thủy sinh…
TS. Nguyễn Phú Tuân, trưởng nhóm nghiên cứu cho biết, với lưu lượng 6.000 m3/ngày, đoạn kênh này cần tới khoảng 100 kg hoạt chất LTH 100.
Theo TS. Nguyễn Văn Lạng, Thứ trưởng Bộ KH&CN, Trưởng ban Quản lý khu CNC Hòa Lạc, 48 tiếng sau khi xử lý, nước ở kênh Mỹ Đình sẽ hết màu đen và mùi hôi. Sau 7 ngày, kênh Mỹ Đình sẽ hết ô nhiễm.
Thứ trưởng Lạng cho rằng, việc xử lý nước kênh Mỹ Đình vô cùng có ý nghĩa, kênh này nằm trước mặt nhà thi đấu Indoor Games.
Cũng tại kênh Mỹ Đình, các nhà khoa học sẽ thí điểm sử dụng một công nghệ mới mang tên MW09 của Công ty Tâm Thiện (cũng thuộc Trung tâm Ươm tạo doanh nghiệp công nghệ cao). Công nghệ này sử dụng bơm từ tính, các từ tính trong bơm sẽ lọc các chất bẩn.