Vùng bờ và đại dương Việt Nam chứa đựng nhiều tài nguyên thiên nhiên như hải sản, dầu khí, hệ sinh thái biển... tất cả đều thuộc hệ thống tài nguyên chia sẻ, không thuộc riêng một ngành nào. Chính vì tiềm năng đa ngành nên nhiều ngành kinh tế cùng khai thác, sử dụng trên một không gian bờ và đại dương. (Bộ Công Thương khai thác dầu khí, cảng biển; Bộ Nông nghiệp và Phát triển nông thôn khai thác thuỷ sản; Bộ Văn hóa – Du lịch - Thể thao khai thác du lịch, danh thắng; Bộ Tài nguyên và Môi trường khai thác đất đai.... đó là còn chưa kể đến hệ thống ngang là các tỉnh có biển, bờ biển, đảo...).
Nhưng, việc quản lý vùng bờ của Việt Nam lại chỉ dựa trên quản lý đơn ngành. Đặc điểm của quản lý đơn ngành là luôn chỉ chú ý đến lợi ích của ngành mình mà không chú ý đến lợi ích của ngành khác; chỉ chú trọng đến mục đích phát triển, mà quên bảo vệ tài nguyên và môi trường; chú trọng đến khai thác theo hướng tăng trưởng kinh tế nhiều hơn là theo hướng kế hoạch hóa. Điều này làm tăng mâu thuẫn lợi ích giữa ngành này với ngành khác trong việc sử dụng hệ thống tài nguyên ở vùng bờ, đại dương và biển. Và hậu quả là một loạt các vấn đề về môi trường biển và sử dụng kém hiệu quả tài nguyên biển đang diễn ra.
Ông Nguyễn Chu Hồi, Phó Tổng cục trưởng Tổng cục Biển và Hải đảo Việt Nam cho rằng: “Nguyên nhân là do phương thức quản lý vùng bờ, biển và hải đảo của Việt Nam chưa phù hợp với bản chất tự nhiên và xã hội mà nó chứa đựng, vẫn dập khuôn quản lý theo cách kiểm soát ô nhiễm, chưa phù hợp với đặc điểm xuyên biên giới và đa ngành đa mục đích sử dụng”.
Một nguyên nhân khác chính là Việt Nam vẫn thiếu các chính sách và văn bản quy phạm pháp luật phù hợp, thiếu cơ chế điều phối và phối hợp hiệu quả giữa các ngành, cơ quan và các bên liên quan trong khai thác tài nguyên, môi trường, biển, dẫn đến mâu thuẫn về quyền lợi kể trên. Ngoài ra các hạn chế trong quản lý tài nguyên biển và quản lý đới bờ biển còn do nhận thức, kiến thức còn yếu và cơ chế quản lý chưa phù hợp. Không chỉ có cộng đồng mà ngay cả các nhà quản lý khi ra quyết định cũng chưa hiểu đúng về bản chất sự vận động và giá trị của đới bờ, còn làm mất đi giá trị vốn có của nó và nhiều khi lại có tác động tiêu cực trở lại với vùng bờ.
Chính vì vậy, Việt Nam cần quản lý bằng một hệ thống chính sách mang tính chất liên ngành, đa mục tiêu. Ngành nào cũng mong muốn có lợi ích, không ngành nào chịu nhường ngành nào, thì phải có sự đan xen quản lý có hệ thống. Giải quyết thấu đáo nhất, theo ông Nguyễn Chu Hồi, Việt Nam cần áp dụng phương thức quản lý tổng hợp vùng bờ.
Đối với Việt Nam khái niệm quản lý tổng hợp quản lý vùng bờ và đại dương còn rất mới mẻ. Nhưng trên thế giới khái niệm và cách quản lý này ra đời năm 1972 ở Mỹ. Sau một thời gian thử nghiệm, Mỹ đã ban hành một bộ luật quản lý tổng hợp vùng bờ.
Quản lý tổng hợp vùng bờ sẽ giảm thiểu được mâu thuẫn giữa các ngành trong quá trình phát triển. Ví dụ như mâu thuẫn trong vấn đề quy hoạch Vịnh Vân Phong đã nảy sinh mâu thuẫn giữa các ngành như: Du lịch, vận tải biển, công nghiệp, hải sản. Vấn đề mấu chốt ở đây cần một cái nhìn tổng thể. Đưa quản lý tổng hợp vào để nhìn vấn đề này khi phê duyệt phương án tổng thể của Vịnh Vân Phong. Quản lý vùng bờ là cơ sở đưa ra một thể chế như một Ủy ban tư vấn để quyết định các vấn đề liên ngành, giải quyết các mâu thuẫn trong phạm vi quốc gia và quốc tế.
Để quản lý tổng hợp vùng bờ, khai thác tốt nguồn lực từ biển, gắn liền với bảo vệ môi trường cần phải thực hiện ở hai cấp trung ương và địa phương. Tuy nhiên cấp trung ương là cấp tư duy đưa ra các chính sách kế hoạch hành động còn cấp địa phương sẽ thực hiện và phát triển tư duy đó và là cấp quyết định. Và để quản lý tổng hợp vùng bờ tốt nhất, địa phương cần xác định đặc điểm của từng vùng sinh thái, tập quán văn hoá của từng địa phương mình quản lý thì mới có thể lôi kéo cộng đồng cũng như các bên liên quan cùng cộng tác sử dụng hợp lý, hiệu quả nguồn lợi từ biển. Quản lý tổng hợp vùng bờ tại địa phương cần được thực hiện dựa trên nền tảng của ba trụ cột quan trọng và có thể coi là tiêu trí cần đạt tới là đó là kinh tế - xã hội - môi trường và chu trình này cần thực hiện chặt chẽ liên tiếp nhau.
Đầu năm 2008, Chính phủ đã ra quyết định thông qua chương trình quản lý vùng bờ toàn quốc bằng nguồn vốn của Chính phủ do Bộ TN&MT chủ trì trong đó có sự tham gia của nhiều bộ ngành, địa phương kết nối với thành tựu của dự án quốc tế. Bộ TN&MT đã trình dự án và được Thủ tướng phê duyệt với nguồn vốn gần 2 nghìn tỷ được thực hiện trong giai đoạn 2008- 2010.
Một số vấn đề cần xem xét đưa vào Luật như: Hoàn thiện hệ thống pháp lý liên quan đến sử dụng và quản lý các vùng biển. Thiết lập và hoàn thiện hệ thống thông tin hiệu quả để đẩy mạnh quản lý biển tổng hợp và mở rộng các hoạt động điều tra, đánh giá tài nguyên và môi trường biển. Thành lập các cơ quan, đơn vị chức năng chuyên về biển và xây dựng kế hoạch phát triển và bảo vệ biển tổng hợp. Thiết lập cơ chế ra quyết định tổng thể để thúc đẩy sự phối hợp giữa các chương trình về biển. Từng bước hoàn thiện lực lượng đa ngành về giám sát biển và nguồn nhân lực thực hiện luật và chính sách về biển, đồng thời hình thành hệ thống quản lý và giảm biển tổng hợp cả trên biển, trên không và trên đất liền. Huy động mọi người từ các thành phần khác nhau tham gia vào việc bảo vệ tài nguyên và môi trường biển, nâng cao ý thức trong việc bảo vệ biển.
“Quản lý tổng hợp vùng bờ là một quá trình năng động và liên tục mà thông qua đó những quyết định đối với việc sử dụng, phát triển và bảo vệ vùng bờ à tài nguyên bờ được đưa ra. Phần cốt lõi của QLTH là xây dựng các thiết chế và chính sách để điều hoà các giải pháp đã được chấp nhận”( B.Cicin-Sain 1993)
“…Quá trình liên hợp các quan tâm lợi ích của Chính phủ, cộng đồng, khoa học và quản lý, của các ngành và quần chúng trong việc cùng chuẩn bị và triển khai một kế hoạch tổng hợp bảo vệ và phát triển tài nguyên, các hệ sinh thái vùng bờ. Mục tiêu chung của QLTHVB là cải thiện chất lượng cuộc sống của cộng đồng, những người luôn phụ thuộc vào các nguồn tài nguyên vùng bờ, trong khi vẫn duy trì đa dạng sinh học và năng suất của các hệ sinh thái vùng bờ.” (GESAMP.1996)